95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1260 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 385 aa  801    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.52 
 
 		 417 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  29.34 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.17 
 
 		 423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.47 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  21.2 
 
 		 380 aa  102  8e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  33.51 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  32.28 
 
 		 195 aa  101  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  28.69 
 
 		 429 aa  97.1  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  24.25 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 		 422 aa  94.4  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  31.48 
 
 		 162 aa  85.5  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  31.33 
 
 		 511 aa  84  0.000000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.99 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.95 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  28.67 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.71 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  21.94 
 
 		 363 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.89 
 
 		 419 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  26.44 
 
 		 430 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  27.47 
 
 		 571 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  22.86 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 		 401 aa  64.3  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.34 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.81 
 
 		 477 aa  63.5  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  29.09 
 
 		 418 aa  63.2  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 413 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 		 557 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  27.88 
 
 		 476 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.3 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.65 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  30.08 
 
 		 453 aa  60.5  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.82 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  27.78 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  23.64 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  24.79 
 
 		 397 aa  56.2  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  22.1 
 
 		 393 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 434 aa  55.5  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  29.63 
 
 		 394 aa  55.5  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  25.93 
 
 		 394 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  30.25 
 
 		 429 aa  53.9  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 432 aa  53.1  0.000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  29.69 
 
 		 390 aa  53.1  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  27.97 
 
 		 438 aa  53.1  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  27.41 
 
 		 557 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  23.21 
 
 		 395 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.28 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.45 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.35 
 
 		 419 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 578 aa  51.2  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  21.92 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  27.54 
 
 		 363 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  20 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.27 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  21.14 
 
 		 450 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 612 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.03 
 
 		 423 aa  49.3  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.14 
 
 		 565 aa  48.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.21 
 
 		 459 aa  48.1  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  32.26 
 
 		 495 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  23.85 
 
 		 441 aa  48.9  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  24.58 
 
 		 457 aa  48.5  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24 
 
 		 453 aa  47.8  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.16 
 
 		 419 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 		 577 aa  47  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.16 
 
 		 419 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 493 aa  46.6  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  19.68 
 
 		 360 aa  46.6  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.42 
 
 		 419 aa  45.8  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.03 
 
 		 446 aa  45.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.85 
 
 		 433 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  19.95 
 
 		 479 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  23.4 
 
 		 834 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  21.57 
 
 		 399 aa  46.2  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  21.32 
 
 		 457 aa  45.4  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  27.66 
 
 		 492 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.34 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  24.71 
 
 		 547 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 405 aa  44.3  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.72 
 
 		 469 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  21.98 
 
 		 460 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  33.7 
 
 		 444 aa  44.3  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  19.79 
 
 		 538 aa  43.9  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 392 aa  43.9  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 616 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  23.56 
 
 		 401 aa  43.5  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.03 
 
 		 495 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  23.78 
 
 		 446 aa  43.5  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0973  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.86 
 
 		 228 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.579133 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 461 aa  43.5  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  22.97 
 
 		 383 aa  43.1  0.008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>