228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_2792 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 423 aa  858    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  37.2 
 
 		 315 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  48.02 
 
 		 429 aa  158  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  27.63 
 
 		 430 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  46.91 
 
 		 419 aa  145  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  39.68 
 
 		 454 aa  143  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  29.61 
 
 		 439 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  30.62 
 
 		 374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  34.86 
 
 		 435 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  32.18 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  32.98 
 
 		 418 aa  130  6e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  29.65 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  39.9 
 
 		 578 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.25 
 
 		 417 aa  126  6e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.08 
 
 		 417 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  27.05 
 
 		 429 aa  121  3e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  36.17 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.04 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 		 576 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  35.64 
 
 		 290 aa  110  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  27.39 
 
 		 435 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.9 
 
 		 433 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 433 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  27.86 
 
 		 429 aa  107  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.88 
 
 		 436 aa  106  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.23 
 
 		 442 aa  102  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  29.29 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.82 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 425 aa  99.8  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.43 
 
 		 429 aa  98.2  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.69 
 
 		 413 aa  96.7  7e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.9 
 
 		 413 aa  96.7  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 		 428 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  25.4 
 
 		 396 aa  92.4  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.18 
 
 		 465 aa  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.79 
 
 		 425 aa  91.7  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.68 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.9 
 
 		 457 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  23.08 
 
 		 448 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.56 
 
 		 423 aa  83.6  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  28.79 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.2 
 
 		 456 aa  82.8  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 		 444 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.36 
 
 		 426 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  26.85 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 426 aa  79.7  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.92 
 
 		 477 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.89 
 
 		 386 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.14 
 
 		 429 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  29.56 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  24.7 
 
 		 432 aa  77.8  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.37 
 
 		 386 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.59 
 
 		 447 aa  76.6  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.26 
 
 		 469 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.37 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.62 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.06 
 
 		 411 aa  76.3  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.87 
 
 		 464 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  25.17 
 
 		 474 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.92 
 
 		 388 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  24.09 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  29.53 
 
 		 398 aa  73.9  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  41.6 
 
 		 409 aa  73.2  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.93 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.18 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 549 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.1 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  21.78 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  23.35 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  28.07 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 412 aa  70.1  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 436 aa  70.1  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  22.41 
 
 		 485 aa  69.7  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  26.47 
 
 		 453 aa  68.9  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.27 
 
 		 428 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  25.17 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  28.99 
 
 		 565 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  32.2 
 
 		 571 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.65 
 
 		 445 aa  67  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.3 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.75 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.57 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  25.31 
 
 		 401 aa  64.3  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  22.87 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  29.25 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 462 aa  63.2  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  21.15 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.14 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 511 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.49 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.59 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  22 
 
 		 401 aa  61.6  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>