83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_13680 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  100 
 
 		 354 aa  717    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  35.4 
 
 		 418 aa  151  1e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.18 
 
 		 423 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 578 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  34.48 
 
 		 453 aa  103  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.26 
 
 		 436 aa  102  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  27.62 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  29.02 
 
 		 576 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  27.4 
 
 		 416 aa  99.8  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 402 aa  97.4  3e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.32 
 
 		 451 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  27.16 
 
 		 464 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  27.25 
 
 		 436 aa  95.1  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 438 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 		 386 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  29.56 
 
 		 315 aa  86.3  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  29.61 
 
 		 456 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  28.62 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.36 
 
 		 427 aa  81.6  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.02 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  32.48 
 
 		 565 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.24 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  26.72 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 		 448 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  26.43 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.77 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 461 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  23.66 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 439 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  26.95 
 
 		 420 aa  72.8  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.05 
 
 		 441 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  34.62 
 
 		 463 aa  70.9  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  26.28 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  26.06 
 
 		 439 aa  69.3  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  24.85 
 
 		 487 aa  66.6  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  23.16 
 
 		 474 aa  66.2  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.18 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  26.06 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.51 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.32 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.42 
 
 		 473 aa  61.6  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.51 
 
 		 464 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 395 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  24.44 
 
 		 425 aa  61.2  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  23.6 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.61 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.61 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.92 
 
 		 456 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.95 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.62 
 
 		 443 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  24.36 
 
 		 446 aa  57  0.0000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.07 
 
 		 431 aa  57  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 611 aa  56.6  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  21.37 
 
 		 474 aa  55.8  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  20.34 
 
 		 447 aa  55.8  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  24.86 
 
 		 422 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  23.36 
 
 		 459 aa  53.9  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  22.16 
 
 		 461 aa  53.5  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  20.39 
 
 		 396 aa  53.1  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.97 
 
 		 462 aa  53.1  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  19.95 
 
 		 437 aa  52.8  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  21.35 
 
 		 479 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  27.27 
 
 		 441 aa  51.2  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  22.67 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 388 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 413 aa  50.4  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  20.66 
 
 		 407 aa  50.1  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  23.22 
 
 		 462 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  26.09 
 
 		 458 aa  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  26.15 
 
 		 458 aa  47.4  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 415 aa  47  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.24 
 
 		 490 aa  47.4  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 		 450 aa  46.6  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.53 
 
 		 462 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.13 
 
 		 471 aa  44.3  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.27 
 
 		 589 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 642 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 		 400 aa  42.7  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  21.6 
 
 		 403 aa  42.7  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  21.6 
 
 		 403 aa  42.7  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>