116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1551 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  100 
 
 		 439 aa  887    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  30.75 
 
 		 474 aa  144  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  29.35 
 
 		 474 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 		 444 aa  138  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  27.99 
 
 		 477 aa  123  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  27.51 
 
 		 457 aa  123  7e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  34.83 
 
 		 495 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  27.57 
 
 		 437 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  38.74 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.97 
 
 		 456 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  28.26 
 
 		 464 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  28.54 
 
 		 458 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  31.86 
 
 		 429 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  29.21 
 
 		 577 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  32.66 
 
 		 446 aa  100  7e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  26.11 
 
 		 432 aa  97.8  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  34.02 
 
 		 462 aa  95.9  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.17 
 
 		 445 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 419 aa  94.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  35.88 
 
 		 448 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  36.13 
 
 		 416 aa  89.7  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  28.89 
 
 		 236 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  26.7 
 
 		 576 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  26.23 
 
 		 438 aa  87  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  32.98 
 
 		 461 aa  86.7  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  32.58 
 
 		 407 aa  86.7  8e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  28.05 
 
 		 448 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  28.67 
 
 		 458 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.4 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.17 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  22.05 
 
 		 463 aa  82  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.6 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.29 
 
 		 428 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.21 
 
 		 453 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  28.28 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.63 
 
 		 401 aa  80.5  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  25 
 
 		 457 aa  78.2  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  26.75 
 
 		 487 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  23.86 
 
 		 425 aa  77  0.0000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  25.36 
 
 		 453 aa  76.6  0.0000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.57 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  28.28 
 
 		 436 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  29.55 
 
 		 387 aa  74.3  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.28 
 
 		 462 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.61 
 
 		 473 aa  72  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.28 
 
 		 462 aa  72  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.99 
 
 		 441 aa  70.9  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  27.9 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.89 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  26.06 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.38 
 
 		 418 aa  66.6  0.0000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  20.78 
 
 		 441 aa  63.5  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  23.31 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  24.63 
 
 		 469 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  23.54 
 
 		 422 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.89 
 
 		 495 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.12 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  30.43 
 
 		 159 aa  58.5  0.0000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  28.98 
 
 		 431 aa  58.9  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 439 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.71 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 		 587 aa  56.2  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 417 aa  55.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.41 
 
 		 425 aa  54.7  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.9 
 
 		 419 aa  53.9  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.19 
 
 		 386 aa  53.5  0.000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.3 
 
 		 423 aa  53.1  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  23.7 
 
 		 401 aa  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  22.96 
 
 		 267 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.79 
 
 		 390 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  31.9 
 
 		 121 aa  50.8  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.46 
 
 		 477 aa  50.4  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 427 aa  50.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 407 aa  49.3  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.78 
 
 		 413 aa  49.7  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.57 
 
 		 464 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  22.36 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  21.79 
 
 		 413 aa  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0792  N-6 DNA methylase  21.68 
 
 		 621 aa  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.869542  hitchhiker  0.0032636 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  22.62 
 
 		 425 aa  47.8  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  29.01 
 
 		 182 aa  47.8  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  23.89 
 
 		 447 aa  47.4  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.31 
 
 		 492 aa  47.4  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  22.69 
 
 		 407 aa  47  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  21.05 
 
 		 402 aa  47  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  22.69 
 
 		 407 aa  47  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.67 
 
 		 400 aa  47  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.3 
 
 		 406 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0839  type I restriction-modification system, M subunit, putative  21.62 
 
 		 613 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.52707  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  22.88 
 
 		 633 aa  46.6  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.67 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.93 
 
 		 457 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.57 
 
 		 419 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>