209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0959 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 
442 aa  911    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  45.24 
 
 
456 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  48.14 
 
 
427 aa  295  1e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  38.92 
 
 
439 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 
400 aa  158  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.44 
 
 
453 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  27.13 
 
 
532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  30.32 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.76 
 
 
422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 
432 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 
427 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  27.31 
 
 
477 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  27.13 
 
 
453 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  27.64 
 
 
458 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  29.72 
 
 
464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  31.62 
 
 
429 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  28.17 
 
 
437 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  31.87 
 
 
429 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.87 
 
 
453 aa  114  5e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.94 
 
 
457 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.61 
 
 
462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  29.52 
 
 
436 aa  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.46 
 
 
456 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.54 
 
 
456 aa  107  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  28.79 
 
 
461 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 
429 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 
419 aa  103  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  29.6 
 
 
438 aa  104  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.82 
 
 
460 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  25.53 
 
 
399 aa  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  28.79 
 
 
451 aa  103  8e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.34 
 
 
417 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  29.97 
 
 
448 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  24.68 
 
 
441 aa  99.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  28.64 
 
 
476 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.23 
 
 
477 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  30.24 
 
 
511 aa  95.1  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 
440 aa  95.5  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.84 
 
 
424 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.43 
 
 
443 aa  93.6  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 
429 aa  92.4  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  25.51 
 
 
474 aa  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 
420 aa  92  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.5 
 
 
565 aa  91.7  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  27.63 
 
 
429 aa  91.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.09 
 
 
487 aa  90.9  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  24.66 
 
 
457 aa  90.9  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.09 
 
 
463 aa  89.4  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  32.24 
 
 
393 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  23.41 
 
 
432 aa  89  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 
402 aa  87.8  3e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  27.32 
 
 
474 aa  87  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 
444 aa  86.7  7e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.73 
 
 
520 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.75 
 
 
428 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.17 
 
 
471 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  23.59 
 
 
457 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  28.98 
 
 
400 aa  82  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  31.71 
 
 
387 aa  82  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  27.6 
 
 
439 aa  82  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  28.24 
 
 
354 aa  81.6  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.65 
 
 
419 aa  81.6  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.62 
 
 
473 aa  80.5  0.00000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.23 
 
 
445 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  32.1 
 
 
420 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 
418 aa  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  26.6 
 
 
461 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  33.14 
 
 
412 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  24.84 
 
 
446 aa  77.8  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  27.04 
 
 
285 aa  77  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  28.28 
 
 
616 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 
447 aa  76.6  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  20.96 
 
 
438 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.07 
 
 
441 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  23.01 
 
 
395 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.87 
 
 
422 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 
447 aa  75.1  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  24.72 
 
 
425 aa  73.9  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 
620 aa  72.8  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 
395 aa  72.8  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 
442 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  27.76 
 
 
412 aa  71.2  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.28 
 
 
425 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 
462 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.08 
 
 
435 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 
453 aa  70.5  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  24.15 
 
 
416 aa  70.1  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  22.47 
 
 
426 aa  69.7  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.96 
 
 
442 aa  69.7  0.00000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.59 
 
 
425 aa  69.3  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.57 
 
 
426 aa  69.7  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  31.05 
 
 
397 aa  69.3  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  28.41 
 
 
417 aa  69.3  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  21.06 
 
 
514 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.9 
 
 
413 aa  68.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 
448 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.36 
 
 
409 aa  67.8  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>