84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1783 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
448 aa  932    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  53.27 
 
 
462 aa  424  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  42.72 
 
 
407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  34.1 
 
 
400 aa  255  9e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.24 
 
 
441 aa  220  3.9999999999999997e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  49.78 
 
 
474 aa  212  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  49.05 
 
 
444 aa  207  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  48.44 
 
 
446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  30.3 
 
 
461 aa  189  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  32.9 
 
 
437 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  29.77 
 
 
425 aa  176  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30.02 
 
 
395 aa  162  9e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.83 
 
 
487 aa  160  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  30.93 
 
 
432 aa  158  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  28.71 
 
 
429 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 
413 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  27.09 
 
 
448 aa  143  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.59 
 
 
422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 
415 aa  139  7.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.54 
 
 
445 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.38 
 
 
439 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.82 
 
 
453 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  29.86 
 
 
441 aa  131  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  26.61 
 
 
477 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.28 
 
 
443 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.2 
 
 
456 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 
456 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  25.72 
 
 
457 aa  120  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  26.36 
 
 
422 aa  120  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  24.71 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  25.54 
 
 
464 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  36.36 
 
 
474 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  26.05 
 
 
458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  24.34 
 
 
453 aa  113  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 
461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  25 
 
 
458 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  25.11 
 
 
431 aa  110  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 
451 aa  107  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 
419 aa  104  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 
447 aa  103  5e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  27.31 
 
 
438 aa  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.95 
 
 
462 aa  103  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 
429 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.57 
 
 
428 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 
463 aa  97.4  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  31.22 
 
 
416 aa  96.3  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  28.63 
 
 
436 aa  93.2  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  35.88 
 
 
439 aa  92.4  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  44.23 
 
 
462 aa  88.2  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  27.53 
 
 
390 aa  87  6e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 
427 aa  86.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 
429 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.11 
 
 
620 aa  82  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.62 
 
 
374 aa  78.6  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  23.86 
 
 
429 aa  73.9  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.88 
 
 
473 aa  73.6  0.000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  28.35 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  23.52 
 
 
388 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26 
 
 
442 aa  68.2  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.19 
 
 
442 aa  68.2  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 
403 aa  65.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 
403 aa  65.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 
290 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  24.02 
 
 
417 aa  60.5  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.8 
 
 
435 aa  60.5  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  20.44 
 
 
430 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  39.8 
 
 
159 aa  58.2  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  22.88 
 
 
417 aa  57  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  22.46 
 
 
454 aa  55.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  36.36 
 
 
386 aa  54.3  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.25 
 
 
424 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 
407 aa  53.5  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  25.45 
 
 
233 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  22.28 
 
 
401 aa  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.87 
 
 
400 aa  50.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  23.85 
 
 
799 aa  50.4  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.91 
 
 
423 aa  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.12 
 
 
418 aa  48.5  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.47 
 
 
477 aa  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28.92 
 
 
439 aa  47.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.43 
 
 
425 aa  46.6  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  26.94 
 
 
413 aa  46.2  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  33.71 
 
 
459 aa  43.5  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  34 
 
 
405 aa  43.5  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>