42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3120 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  100 
 
 		 233 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  34.67 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  28.5 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  28.5 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.1 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  30.6 
 
 		 459 aa  61.2  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  27.08 
 
 		 423 aa  60.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  32 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  26.98 
 
 		 413 aa  55.8  0.0000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  29.09 
 
 		 401 aa  55.8  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.85 
 
 		 383 aa  55.1  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 		 391 aa  54.3  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  28.49 
 
 		 474 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  43.06 
 
 		 405 aa  52.8  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 448 aa  52.4  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  27.59 
 
 		 182 aa  51.6  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.34 
 
 		 407 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  37.5 
 
 		 399 aa  49.7  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 		 417 aa  50.1  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.43 
 
 		 374 aa  50.4  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  26.53 
 
 		 417 aa  49.7  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.08 
 
 		 441 aa  48.9  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  26.04 
 
 		 435 aa  48.9  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 		 425 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 437 aa  47.8  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  28.48 
 
 		 457 aa  47  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  34.38 
 
 		 416 aa  47.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  30.6 
 
 		 417 aa  45.8  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.3 
 
 		 429 aa  45.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  21.83 
 
 		 403 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  26.09 
 
 		 458 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  21.83 
 
 		 403 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.1 
 
 		 428 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.96 
 
 		 445 aa  44.3  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.62 
 
 		 425 aa  44.7  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  21.7 
 
 		 433 aa  42.7  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  33.7 
 
 		 429 aa  42.4  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  26.46 
 
 		 208 aa  42.4  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  31.18 
 
 		 435 aa  42  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.11 
 
 		 422 aa  41.6  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>