130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0160 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 399 aa  814    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  47.28 
 
 		 562 aa  208  2e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  43.33 
 
 		 435 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  54.74 
 
 		 399 aa  145  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  46.45 
 
 		 216 aa  145  1e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 		 420 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.09 
 
 		 422 aa  120  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  34.63 
 
 		 453 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  28.6 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  29.96 
 
 		 381 aa  106  7e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.01 
 
 		 417 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  34.44 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 425 aa  101  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  31.52 
 
 		 393 aa  89.7  8e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  27.54 
 
 		 442 aa  89.7  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  34.12 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.41 
 
 		 435 aa  88.2  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25.77 
 
 		 416 aa  84.3  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  29.51 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 425 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  27.02 
 
 		 392 aa  84  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.72 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  28.87 
 
 		 425 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.61 
 
 		 405 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  24.82 
 
 		 427 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  29.79 
 
 		 578 aa  79  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.86 
 
 		 426 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.39 
 
 		 433 aa  78.2  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.84 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06809  type I restriction enzyme S subunit  74.55 
 
 		 90 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.43 
 
 		 413 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.33 
 
 		 411 aa  75.9  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  28.88 
 
 		 287 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.15 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 388 aa  74.3  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  32.42 
 
 		 420 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.3 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.69 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  22.62 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.74 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.15 
 
 		 456 aa  70.5  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  28.57 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.82 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 427 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.71 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.56 
 
 		 444 aa  68.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.22 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  26.41 
 
 		 430 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.21 
 
 		 419 aa  67  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.59 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  35.04 
 
 		 409 aa  66.6  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  27.32 
 
 		 396 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  27.89 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  24.14 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  27.42 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.92 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.77 
 
 		 433 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  27.25 
 
 		 453 aa  63.9  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  31.29 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.64 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  28.74 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 391 aa  63.2  0.000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 		 413 aa  62.4  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  28.26 
 
 		 434 aa  62.4  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.47 
 
 		 427 aa  60.5  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.06 
 
 		 436 aa  60.1  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.52 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  27.17 
 
 		 563 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  27.17 
 
 		 561 aa  58.9  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  27.61 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  27.78 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 409 aa  57  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 409 aa  57  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  34.86 
 
 		 454 aa  56.6  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.47 
 
 		 435 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  45 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.22 
 
 		 457 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 437 aa  54.7  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  30.48 
 
 		 413 aa  53.9  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 438 aa  53.9  0.000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 296 aa  53.5  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  21.84 
 
 		 315 aa  53.1  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  36.17 
 
 		 407 aa  53.1  0.000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  36.17 
 
 		 407 aa  53.1  0.000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  22.11 
 
 		 422 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  25.95 
 
 		 432 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  43.86 
 
 		 374 aa  51.2  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  36.08 
 
 		 419 aa  50.8  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  37.5 
 
 		 233 aa  49.7  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  23.76 
 
 		 424 aa  49.7  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.27 
 
 		 401 aa  48.9  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  22.9 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  21.74 
 
 		 426 aa  49.3  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  29.84 
 
 		 380 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>