79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1960 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  100 
 
 		 413 aa  852    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  36.84 
 
 		 423 aa  250  4e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  34.11 
 
 		 427 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  63.89 
 
 		 182 aa  243  3e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  36.83 
 
 		 383 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  33.95 
 
 		 435 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.75 
 
 		 409 aa  209  7e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 		 403 aa  176  5e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 		 403 aa  176  5e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  32.79 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 409 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  28.44 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.2 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  26.96 
 
 		 417 aa  129  7.000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 		 437 aa  127  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  36.79 
 
 		 208 aa  125  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  33.6 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 		 405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  32.44 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.61 
 
 		 419 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.43 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  23.88 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.65 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.71 
 
 		 411 aa  99.8  7e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 		 391 aa  99.8  8e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.34 
 
 		 400 aa  99  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.44 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 427 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 409 aa  92.4  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 409 aa  92.4  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  28.96 
 
 		 392 aa  87  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  23.42 
 
 		 425 aa  86.3  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  22.78 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 		 442 aa  76.3  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.68 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.74 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0556  type I restriction enzyme, specificity subunit  30.53 
 
 		 183 aa  72.8  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239636  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  33.33 
 
 		 159 aa  70.9  0.00000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 427 aa  68.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  21.34 
 
 		 446 aa  65.9  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  30.72 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  21.22 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  24.71 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.87 
 
 		 456 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  21.78 
 
 		 425 aa  57  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  25 
 
 		 416 aa  56.6  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.41 
 
 		 445 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  26.98 
 
 		 233 aa  55.8  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  24.61 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.15 
 
 		 439 aa  56.2  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  24.61 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 		 433 aa  53.5  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  20.54 
 
 		 432 aa  53.9  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 463 aa  53.1  0.000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1957  restriction endonuclease S subunit  62.5 
 
 		 85 aa  52.8  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  20.44 
 
 		 417 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  29.63 
 
 		 404 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  21.53 
 
 		 432 aa  50.8  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  22.88 
 
 		 420 aa  50.4  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  21.17 
 
 		 405 aa  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 386 aa  49.7  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  22.39 
 
 		 418 aa  48.9  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  27.59 
 
 		 474 aa  48.9  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  25.64 
 
 		 400 aa  49.7  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  30.56 
 
 		 446 aa  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  21.11 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  22.75 
 
 		 407 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  23.86 
 
 		 437 aa  47.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.53 
 
 		 435 aa  47.4  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  20.94 
 
 		 412 aa  47.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  25.18 
 
 		 422 aa  47  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.26 
 
 		 423 aa  46.6  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  21.02 
 
 		 419 aa  45.8  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  18.75 
 
 		 426 aa  46.2  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.96 
 
 		 456 aa  45.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.59 
 
 		 457 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0554  hypothetical protein  27.56 
 
 		 133 aa  44.3  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0203297  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  21.69 
 
 		 562 aa  43.1  0.01  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>