126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3953 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 413 aa  846    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  66.83 
 
 		 410 aa  289  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.38 
 
 		 385 aa  201  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.72 
 
 		 409 aa  199  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.27 
 
 		 388 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 409 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.49 
 
 		 406 aa  144  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.03 
 
 		 453 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 405 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  23.54 
 
 		 456 aa  124  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.7 
 
 		 426 aa  124  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  31.99 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  26.65 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  26.15 
 
 		 417 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.29 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  26.61 
 
 		 387 aa  110  6e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 		 427 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  33.49 
 
 		 393 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  33.16 
 
 		 458 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  34.55 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.04 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  27.12 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  30.6 
 
 		 428 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  29.8 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.65 
 
 		 435 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.53 
 
 		 408 aa  94.7  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.87 
 
 		 443 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 393 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.25 
 
 		 432 aa  89.4  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  29.02 
 
 		 395 aa  87.4  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  27.11 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 		 427 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.64 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  23.51 
 
 		 834 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.73 
 
 		 424 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  23.52 
 
 		 434 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  26.5 
 
 		 402 aa  79.3  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  28.83 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 511 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  31.58 
 
 		 208 aa  71.6  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  26.28 
 
 		 395 aa  71.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 427 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  27.78 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.09 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  27.78 
 
 		 407 aa  70.1  0.00000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.08 
 
 		 408 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  25.11 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  23.19 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  23.19 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.16 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.5 
 
 		 457 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  28.95 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 425 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  24.08 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  24.08 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  20.96 
 
 		 427 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.63 
 
 		 425 aa  64.7  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 437 aa  63.5  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.36 
 
 		 620 aa  63.5  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  28.74 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.25 
 
 		 520 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.97 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  21.9 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.85 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.59 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.79 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  23.51 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  29.05 
 
 		 460 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.83 
 
 		 616 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.09 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.76 
 
 		 532 aa  57.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.64 
 
 		 439 aa  57  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.41 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  21.22 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  24.1 
 
 		 285 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.34 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 462 aa  55.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  22.95 
 
 		 392 aa  55.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.77 
 
 		 194 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  28.27 
 
 		 211 aa  54.7  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  20.39 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  27.57 
 
 		 382 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  24.02 
 
 		 456 aa  53.9  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  21.69 
 
 		 415 aa  53.5  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  20.74 
 
 		 403 aa  53.9  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.06 
 
 		 477 aa  53.5  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  24.3 
 
 		 381 aa  53.1  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  30.39 
 
 		 1343 aa  52.8  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.86 
 
 		 425 aa  52.4  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  21.52 
 
 		 416 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>