73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2471 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  100 
 
 		 381 aa  766    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  32.2 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  32.2 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.59 
 
 		 429 aa  117  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  29.96 
 
 		 399 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  31.64 
 
 		 386 aa  113  6e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  35.35 
 
 		 405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  28.64 
 
 		 391 aa  105  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  32.7 
 
 		 408 aa  103  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  32.79 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  32.79 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  29.38 
 
 		 403 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  35.46 
 
 		 561 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  35.46 
 
 		 563 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  33.94 
 
 		 436 aa  89  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  36.55 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.41 
 
 		 562 aa  85.9  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.97 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.78 
 
 		 435 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  22.35 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  33.33 
 
 		 703 aa  75.5  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  26.57 
 
 		 422 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  29.64 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  24.71 
 
 		 413 aa  69.7  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  35.66 
 
 		 363 aa  69.3  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.94 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 427 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  22.65 
 
 		 434 aa  66.2  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  29.34 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.24 
 
 		 409 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  21.62 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 437 aa  62  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  30.52 
 
 		 444 aa  60.5  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.56 
 
 		 444 aa  60.1  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  27 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.26 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.7 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.36 
 
 		 413 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.34 
 
 		 406 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 409 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 425 aa  53.9  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  24.82 
 
 		 399 aa  53.5  0.000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.24 
 
 		 417 aa  53.1  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.86 
 
 		 427 aa  53.1  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.97 
 
 		 423 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.05 
 
 		 430 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.09 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0556  type I restriction enzyme, specificity subunit  26.34 
 
 		 183 aa  50.8  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.13 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.36 
 
 		 442 aa  48.5  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.41 
 
 		 411 aa  47.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.74 
 
 		 456 aa  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 392 aa  47  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 425 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.92 
 
 		 417 aa  46.6  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  22.43 
 
 		 208 aa  46.2  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  24.47 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.67 
 
 		 425 aa  45.1  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 442 aa  44.7  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.42 
 
 		 409 aa  44.3  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.42 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 393 aa  44.3  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  23.15 
 
 		 419 aa  43.5  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  27.85 
 
 		 435 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 		 457 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0554  hypothetical protein  33.72 
 
 		 133 aa  43.1  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0203297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  29.91 
 
 		 413 aa  43.1  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  20 
 
 		 374 aa  42.7  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>