233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2904 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
425 aa  876    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  45.86 
 
 
415 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  34.78 
 
 
425 aa  210  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  34.03 
 
 
451 aa  209  9e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.29 
 
 
442 aa  203  5e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  42.65 
 
 
439 aa  193  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  45.05 
 
 
474 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  42.06 
 
 
474 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.79 
 
 
456 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 
374 aa  166  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.43 
 
 
422 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  37.2 
 
 
427 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  28.97 
 
 
417 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 
429 aa  127  4.0000000000000003e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  30.61 
 
 
464 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  36.17 
 
 
411 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  36.17 
 
 
411 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.87 
 
 
435 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  27.12 
 
 
435 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.44 
 
 
413 aa  106  6e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.87 
 
 
390 aa  104  3e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.83 
 
 
477 aa  102  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  32.34 
 
 
429 aa  102  1e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.11 
 
 
433 aa  101  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 
399 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.29 
 
 
425 aa  100  4e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  26.65 
 
 
432 aa  100  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 
296 aa  100  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.19 
 
 
238 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.11 
 
 
423 aa  99.8  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.78 
 
 
456 aa  98.6  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.27 
 
 
426 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 
428 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.29 
 
 
457 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.4 
 
 
445 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.53 
 
 
465 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.01 
 
 
438 aa  94.4  4e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 
419 aa  94.4  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  24.18 
 
 
448 aa  93.2  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 
420 aa  92.4  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.61 
 
 
433 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  22.7 
 
 
461 aa  90.1  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.32 
 
 
400 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  43.12 
 
 
121 aa  88.2  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.4 
 
 
424 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.34 
 
 
444 aa  87.8  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  27.67 
 
 
417 aa  87.8  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 
436 aa  86.7  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  20.99 
 
 
454 aa  86.3  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.29 
 
 
423 aa  86.3  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
453 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 
412 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.72 
 
 
428 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  33.33 
 
 
409 aa  82.8  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 
290 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 
456 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.17 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 
447 aa  79  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.24 
 
 
446 aa  77.8  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.18 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.38 
 
 
401 aa  76.6  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25.32 
 
 
416 aa  76.6  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.09 
 
 
442 aa  75.5  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 
413 aa  75.5  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.04 
 
 
495 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.93 
 
 
473 aa  75.5  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.84 
 
 
462 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  23.3 
 
 
457 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  24.46 
 
 
386 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 
393 aa  73.6  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.92 
 
 
453 aa  73.2  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.05 
 
 
400 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.54 
 
 
441 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  25.46 
 
 
407 aa  72  0.00000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  23.8 
 
 
447 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 
409 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 
409 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  25.78 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.54 
 
 
388 aa  70.5  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  23.62 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  22.94 
 
 
411 aa  69.3  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.78 
 
 
417 aa  68.6  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 
429 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.8 
 
 
442 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  22.19 
 
 
451 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  27.37 
 
 
423 aa  67.8  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.37 
 
 
383 aa  68.2  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  21.48 
 
 
397 aa  67.4  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 
434 aa  67.8  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.24 
 
 
422 aa  67  0.0000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 
556 aa  67.4  0.0000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  20.44 
 
 
492 aa  66.6  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 
387 aa  66.6  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.59 
 
 
412 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 
413 aa  66.6  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.65 
 
 
401 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  21.9 
 
 
426 aa  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 
417 aa  65.5  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  24.36 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.53 
 
 
435 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>