126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2257 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  100 
 
 		 413 aa  848    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.43 
 
 		 424 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  31.88 
 
 		 429 aa  152  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  29.93 
 
 		 415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28.49 
 
 		 439 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  29.11 
 
 		 425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  31.85 
 
 		 429 aa  120  4.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  27.52 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.4 
 
 		 442 aa  108  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.2 
 
 		 238 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  31.44 
 
 		 425 aa  106  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.94 
 
 		 419 aa  100  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.04 
 
 		 413 aa  99.8  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 		 428 aa  99.8  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  26.83 
 
 		 432 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.69 
 
 		 423 aa  96.7  7e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.06 
 
 		 465 aa  93.6  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 		 434 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  26.97 
 
 		 315 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.96 
 
 		 422 aa  90.5  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  30 
 
 		 417 aa  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.88 
 
 		 402 aa  89.4  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  27.35 
 
 		 435 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  20.87 
 
 		 492 aa  85.5  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.02 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.17 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.15 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  28.7 
 
 		 417 aa  77.8  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  27.41 
 
 		 425 aa  75.5  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  25.73 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  23.14 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.94 
 
 		 443 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 462 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.5 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.74 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.12 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.17 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  18.64 
 
 		 457 aa  66.2  0.0000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  25.5 
 
 		 453 aa  66.2  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  25.68 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 436 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.46 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  23.84 
 
 		 464 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.07 
 
 		 438 aa  62.8  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  22.58 
 
 		 424 aa  62.4  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.01 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.61 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.19 
 
 		 423 aa  60.1  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.28 
 
 		 417 aa  59.7  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  21.2 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 427 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.86 
 
 		 430 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.58 
 
 		 457 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.35 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.6 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  21.94 
 
 		 404 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  23.29 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.98 
 
 		 433 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.12 
 
 		 428 aa  56.6  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 383 aa  56.2  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  25.83 
 
 		 612 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  24.86 
 
 		 563 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  24.86 
 
 		 561 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.83 
 
 		 520 aa  54.7  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  20.69 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 432 aa  54.3  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  22.01 
 
 		 380 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.51 
 
 		 416 aa  53.9  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  26.67 
 
 		 380 aa  53.9  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  45.16 
 
 		 393 aa  53.5  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.57 
 
 		 388 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.29 
 
 		 411 aa  53.5  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.82 
 
 		 495 aa  53.5  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  21.98 
 
 		 290 aa  53.1  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  21.91 
 
 		 477 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.66 
 
 		 446 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  23.65 
 
 		 405 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.19 
 
 		 620 aa  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 		 392 aa  51.2  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 296 aa  51.2  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 426 aa  50.8  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.63 
 
 		 378 aa  50.4  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.93 
 
 		 419 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  22.26 
 
 		 387 aa  50.4  0.00006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  22.01 
 
 		 407 aa  50.4  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 		 411 aa  50.4  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.64 
 
 		 390 aa  50.4  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.96 
 
 		 422 aa  49.7  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  22.01 
 
 		 407 aa  49.3  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  23.73 
 
 		 430 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  23.27 
 
 		 441 aa  48.9  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.85 
 
 		 438 aa  48.9  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  21.54 
 
 		 405 aa  48.9  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  20.32 
 
 		 456 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.74 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>