245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0308 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 
456 aa  947    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  61.37 
 
 
426 aa  480  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  71.21 
 
 
409 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  50.65 
 
 
457 aa  327  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.69 
 
 
424 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  34.3 
 
 
430 aa  200  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  36.53 
 
 
435 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.52 
 
 
432 aa  171  3e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  35.29 
 
 
425 aa  164  3e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 
428 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  35.11 
 
 
426 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 
438 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.76 
 
 
413 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  33.46 
 
 
437 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.42 
 
 
422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.8 
 
 
433 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.61 
 
 
385 aa  147  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.68 
 
 
420 aa  143  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  35.25 
 
 
403 aa  140  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  40 
 
 
477 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  33.94 
 
 
418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.69 
 
 
620 aa  133  5e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 
393 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  37.11 
 
 
616 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 
429 aa  129  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  30.03 
 
 
442 aa  127  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  30.96 
 
 
460 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  31.82 
 
 
454 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  31.61 
 
 
402 aa  123  5e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.26 
 
 
408 aa  123  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.6 
 
 
422 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  40 
 
 
520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  30.18 
 
 
417 aa  121  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 
456 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 
416 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.24 
 
 
417 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  31.91 
 
 
433 aa  117  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.36 
 
 
532 aa  116  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.62 
 
 
435 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  35.45 
 
 
397 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  36.42 
 
 
387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.01 
 
 
408 aa  113  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.54 
 
 
413 aa  113  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.03 
 
 
444 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.71 
 
 
427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  25.37 
 
 
393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  30.59 
 
 
285 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  36.53 
 
 
420 aa  110  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.3 
 
 
429 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
423 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  35.05 
 
 
417 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.1 
 
 
462 aa  107  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.54 
 
 
442 aa  107  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  21.88 
 
 
834 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  40.4 
 
 
406 aa  103  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.28 
 
 
416 aa  102  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.03 
 
 
409 aa  101  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.32 
 
 
419 aa  99.8  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.78 
 
 
425 aa  98.6  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  26.58 
 
 
412 aa  98.2  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  27.05 
 
 
846 aa  96.7  7e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 
374 aa  96.7  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  34.12 
 
 
1343 aa  95.5  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  29.48 
 
 
400 aa  95.1  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 
425 aa  95.1  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  33.12 
 
 
426 aa  93.2  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  25.71 
 
 
401 aa  92.8  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  29.06 
 
 
458 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  26.77 
 
 
453 aa  91.3  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  27.69 
 
 
549 aa  91.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  28.88 
 
 
290 aa  90.5  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  27.73 
 
 
439 aa  90.5  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  22.59 
 
 
447 aa  90.5  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 
557 aa  89.7  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.06 
 
 
565 aa  89.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 
414 aa  89.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  22.51 
 
 
440 aa  87.8  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  29.74 
 
 
511 aa  86.3  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.21 
 
 
427 aa  86.3  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.08 
 
 
476 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  28.88 
 
 
417 aa  84  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.38 
 
 
453 aa  83.6  0.000000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.2 
 
 
423 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 
405 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  27.8 
 
 
390 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.12 
 
 
422 aa  82  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  23.08 
 
 
395 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.74 
 
 
400 aa  80.5  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.07 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 
409 aa  79  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.54 
 
 
194 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  26.69 
 
 
438 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 
211 aa  78.2  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  30.18 
 
 
562 aa  77.8  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  22.46 
 
 
500 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  24.02 
 
 
464 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.94 
 
 
402 aa  75.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  21.69 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  22.51 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>