137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1954 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 406 aa  834    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  57.73 
 
 		 374 aa  324  2e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.57 
 
 		 419 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  36.89 
 
 		 411 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0816  restriction modification system DNA specificity subunit  49.22 
 
 		 267 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  53.33 
 
 		 364 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  33.02 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  56.21 
 
 		 400 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  32 
 
 		 426 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  33.91 
 
 		 435 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  37.85 
 
 		 547 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.76 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.24 
 
 		 378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  35.71 
 
 		 382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 413 aa  127  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  46.15 
 
 		 400 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.73 
 
 		 417 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  38.49 
 
 		 431 aa  123  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  47.74 
 
 		 390 aa  121  3e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  32.93 
 
 		 458 aa  116  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  42.24 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  30.64 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  31.54 
 
 		 399 aa  111  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.41 
 
 		 520 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  38.1 
 
 		 420 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  32.12 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  40.4 
 
 		 456 aa  103  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.86 
 
 		 477 aa  103  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.18 
 
 		 424 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.91 
 
 		 457 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  41.22 
 
 		 420 aa  93.6  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  35.58 
 
 		 418 aa  93.2  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  36.67 
 
 		 435 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 620 aa  89.4  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.3 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  30 
 
 		 460 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  33.14 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.34 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  32.47 
 
 		 1343 aa  80.5  0.00000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.34 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  32.32 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  34.39 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  32.5 
 
 		 387 aa  76.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  43.01 
 
 		 834 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  31.61 
 
 		 393 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  47.3 
 
 		 161 aa  73.9  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  29.35 
 
 		 416 aa  73.2  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 417 aa  73.2  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.63 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.92 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.3 
 
 		 532 aa  71.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  29.78 
 
 		 846 aa  70.9  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  20.79 
 
 		 414 aa  70.1  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  30.36 
 
 		 616 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 		 557 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  31.43 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  26.82 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  34.71 
 
 		 549 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.06 
 
 		 417 aa  66.2  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  32.7 
 
 		 303 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  30.38 
 
 		 476 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  34.55 
 
 		 426 aa  62.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  33.93 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.62 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  27.01 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  30.14 
 
 		 175 aa  61.2  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  29.68 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.35 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  32.61 
 
 		 562 aa  60.1  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 		 397 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  28.38 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.59 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  36 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  27.32 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  28.06 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 511 aa  57.4  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0107  type I restriction modification DNA specificity family protein  43.66 
 
 		 85 aa  57  0.0000006  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.517925  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 211 aa  56.2  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  25.11 
 
 		 453 aa  55.8  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  31.36 
 
 		 477 aa  56.2  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  27.38 
 
 		 372 aa  56.2  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  29.03 
 
 		 400 aa  55.5  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.71 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  31.96 
 
 		 401 aa  54.7  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  27.63 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  31.01 
 
 		 450 aa  52.4  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  29.37 
 
 		 364 aa  52.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.11 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.3 
 
 		 409 aa  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  28.85 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  24.64 
 
 		 363 aa  51.6  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.75 
 
 		 456 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  20.7 
 
 		 402 aa  51.2  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  20.88 
 
 		 390 aa  50.8  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.89 
 
 		 429 aa  50.8  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>