182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3129 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
416 aa  858    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  48.76 
 
 
549 aa  293  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  41.75 
 
 
401 aa  281  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  39.8 
 
 
400 aa  259  8e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  36.28 
 
 
438 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  36.47 
 
 
440 aa  211  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  32.58 
 
 
419 aa  196  8.000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  31.22 
 
 
432 aa  191  2e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  27.62 
 
 
483 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 
447 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.2 
 
 
429 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.53 
 
 
420 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  34.04 
 
 
285 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.04 
 
 
620 aa  150  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.49 
 
 
471 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  30.93 
 
 
415 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  27.52 
 
 
422 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.21 
 
 
412 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  30.49 
 
 
451 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  33.24 
 
 
412 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  29.05 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  28.86 
 
 
422 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.63 
 
 
433 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.85 
 
 
400 aa  122  8e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.64 
 
 
424 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.31 
 
 
456 aa  119  7.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  28.49 
 
 
485 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  25.33 
 
 
1343 aa  116  8.999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.41 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  26.99 
 
 
416 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 
397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  31.63 
 
 
430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.99 
 
 
428 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 
429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  31.06 
 
 
398 aa  110  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  26.92 
 
 
436 aa  110  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  27.45 
 
 
425 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.78 
 
 
428 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
457 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.03 
 
 
438 aa  103  6e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  25.22 
 
 
418 aa  100  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  25.22 
 
 
418 aa  100  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  30.64 
 
 
211 aa  99.4  9e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.77 
 
 
511 aa  98.6  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 
414 aa  97.8  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 
456 aa  97.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 
413 aa  95.9  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.63 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  22.13 
 
 
453 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 
351 aa  94.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  22.3 
 
 
425 aa  94  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 
405 aa  94  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  26.13 
 
 
404 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  24.52 
 
 
380 aa  93.6  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  32.7 
 
 
387 aa  90.9  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.77 
 
 
453 aa  89  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.71 
 
 
417 aa  88.6  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.45 
 
 
402 aa  89  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.72 
 
 
385 aa  87.4  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  27.76 
 
 
408 aa  86.7  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  30.34 
 
 
834 aa  86.7  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  26.87 
 
 
476 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.06 
 
 
565 aa  84.7  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.96 
 
 
408 aa  84.3  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 
385 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.21 
 
 
458 aa  82  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  25.37 
 
 
428 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.3 
 
 
413 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.28 
 
 
427 aa  82  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.95 
 
 
427 aa  80.9  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.56 
 
 
435 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.3 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 
405 aa  80.5  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  25.83 
 
 
454 aa  79.7  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  22.83 
 
 
426 aa  79.7  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  20.79 
 
 
409 aa  79.7  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.97 
 
 
446 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  26.94 
 
 
439 aa  79.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 
426 aa  78.2  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.48 
 
 
435 aa  77.4  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  24.17 
 
 
390 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  26.09 
 
 
412 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 
425 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  32.26 
 
 
426 aa  75.5  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  25.48 
 
 
411 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  25.48 
 
 
411 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  28 
 
 
407 aa  74.3  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.48 
 
 
409 aa  73.6  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 
412 aa  73.6  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  27.68 
 
 
407 aa  73.2  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  29.35 
 
 
406 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.87 
 
 
439 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.55 
 
 
422 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  32.17 
 
 
393 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.25 
 
 
422 aa  71.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.61 
 
 
373 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.68 
 
 
403 aa  70.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.15 
 
 
442 aa  70.1  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  23.93 
 
 
438 aa  70.1  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>