125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0006 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  100 
 
 		 412 aa  837    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  49.43 
 
 		 430 aa  300  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  45.61 
 
 		 398 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.42 
 
 		 373 aa  216  7e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  38.27 
 
 		 438 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.25 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.82 
 
 		 447 aa  192  7e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  36.71 
 
 		 422 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  36.46 
 
 		 451 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  34.62 
 
 		 401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  32.46 
 
 		 415 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.1 
 
 		 428 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  31.48 
 
 		 416 aa  160  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  33.82 
 
 		 405 aa  157  5.0000000000000005e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  31.45 
 
 		 440 aa  156  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.11 
 
 		 429 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 411 aa  143  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  33.92 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.77 
 
 		 428 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 453 aa  137  4e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  34.73 
 
 		 549 aa  137  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31 
 
 		 419 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  26.64 
 
 		 436 aa  132  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  33.24 
 
 		 416 aa  129  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.68 
 
 		 424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  40.91 
 
 		 425 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.37 
 
 		 444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  24.88 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  24.88 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  25.78 
 
 		 483 aa  111  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 		 485 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.13 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  25.41 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.97 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.86 
 
 		 434 aa  102  9e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  26.29 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  26.27 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  32.51 
 
 		 469 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.35 
 
 		 459 aa  97.4  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.2 
 
 		 471 aa  96.3  8e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.15 
 
 		 471 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  26.02 
 
 		 428 aa  94  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  26.15 
 
 		 463 aa  89  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  36.31 
 
 		 649 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  33.15 
 
 		 846 aa  88.6  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.32 
 
 		 385 aa  87  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 442 aa  85.9  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 420 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  29.03 
 
 		 487 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 		 438 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 		 432 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  32.93 
 
 		 364 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.46 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  24.14 
 
 		 446 aa  76.6  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  24.67 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  33.06 
 
 		 453 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  29.67 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  27.81 
 
 		 538 aa  71.2  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 433 aa  70.1  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.36 
 
 		 412 aa  69.7  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  22.2 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  25 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  30.66 
 
 		 575 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.78 
 
 		 620 aa  68.6  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  23.88 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  30.57 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  19.95 
 
 		 438 aa  67.8  0.0000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.98 
 
 		 565 aa  67.4  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.14 
 
 		 597 aa  66.6  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.36 
 
 		 439 aa  65.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.51 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.03 
 
 		 423 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  26.67 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  26.67 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  20.39 
 
 		 405 aa  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  21.78 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  18.93 
 
 		 435 aa  63.5  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.84 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  41.57 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  24.34 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  24.12 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 285 aa  59.3  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 		 461 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  28.35 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  27.41 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.73 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  24.85 
 
 		 393 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  21.75 
 
 		 413 aa  53.9  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.75 
 
 		 413 aa  53.9  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.61 
 
 		 400 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.43 
 
 		 457 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 564 aa  50.8  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2366  N-6 DNA methylase  27.41 
 
 		 600 aa  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.192506 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.86 
 
 		 492 aa  49.3  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.87 
 
 		 428 aa  49.3  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.84 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  22.79 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>