114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_3030 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
564 aa  1163    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  44.97 
 
 
557 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  43 
 
 
590 aa  412  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  39.64 
 
 
575 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  40.5 
 
 
597 aa  357  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  41.71 
 
 
565 aa  350  4e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  36.78 
 
 
561 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  36.78 
 
 
563 aa  281  3e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  34.98 
 
 
612 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  34.88 
 
 
571 aa  263  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  33.45 
 
 
584 aa  258  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  32.21 
 
 
633 aa  253  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.33 
 
 
565 aa  252  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  32.71 
 
 
589 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  31.22 
 
 
577 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  32.24 
 
 
585 aa  238  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  30.86 
 
 
547 aa  236  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  31.65 
 
 
616 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  31.84 
 
 
576 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  30.1 
 
 
575 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  32.37 
 
 
578 aa  222  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  30.63 
 
 
561 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  29.44 
 
 
611 aa  212  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  27.96 
 
 
557 aa  194  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.04 
 
 
471 aa  183  7e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.76 
 
 
572 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  25.21 
 
 
469 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.23 
 
 
532 aa  167  2.9999999999999998e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.07 
 
 
528 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.84 
 
 
398 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  47.54 
 
 
400 aa  154  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  25.15 
 
 
538 aa  153  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.29 
 
 
459 aa  140  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 
429 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.78 
 
 
492 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.96 
 
 
556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  32.6 
 
 
447 aa  114  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  33.95 
 
 
463 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  28.19 
 
 
457 aa  107  5e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.89 
 
 
390 aa  106  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  34.55 
 
 
846 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.93 
 
 
428 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.16 
 
 
444 aa  103  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  28.11 
 
 
501 aa  103  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  32.67 
 
 
487 aa  100  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  34.65 
 
 
412 aa  97.4  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  40.28 
 
 
364 aa  95.5  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  35.51 
 
 
413 aa  94.7  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  38.46 
 
 
649 aa  94.4  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  40.3 
 
 
438 aa  92.8  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.05 
 
 
495 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  33.54 
 
 
396 aa  92  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.35 
 
 
520 aa  90.1  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  27.65 
 
 
323 aa  89.4  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  35.56 
 
 
422 aa  87.4  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.6 
 
 
444 aa  83.6  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  33.16 
 
 
442 aa  82  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  27.97 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.05 
 
 
477 aa  77.4  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.6 
 
 
479 aa  76.3  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.18 
 
 
429 aa  73.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 
477 aa  70.9  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  57.14 
 
 
86 aa  70.5  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  30.95 
 
 
398 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  29.52 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  30.26 
 
 
549 aa  67  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  30 
 
 
401 aa  65.5  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  26.67 
 
 
425 aa  60.5  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  21.56 
 
 
511 aa  58.9  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 
237 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  21.5 
 
 
394 aa  58.5  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.53 
 
 
493 aa  57.4  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 
425 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.78 
 
 
422 aa  56.6  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.43 
 
 
490 aa  57  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.14 
 
 
390 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 
547 aa  55.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.35 
 
 
443 aa  56.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.75 
 
 
453 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.45 
 
 
402 aa  55.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.52 
 
 
514 aa  53.9  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.2 
 
 
400 aa  53.5  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  29 
 
 
419 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  29 
 
 
419 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 
417 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  28.57 
 
 
412 aa  51.2  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  39.66 
 
 
292 aa  51.2  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  28.37 
 
 
430 aa  51.2  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 
462 aa  50.8  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 
433 aa  50.4  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 
402 aa  49.7  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.17 
 
 
392 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
419 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  19.87 
 
 
476 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.11 
 
 
456 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  29.41 
 
 
435 aa  49.3  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 
462 aa  49.3  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23 
 
 
495 aa  48.9  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  23.92 
 
 
450 aa  48.5  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>