108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_6044 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  100 
 
 		 547 aa  1121    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  48.82 
 
 		 584 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  48.44 
 
 		 612 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  46.26 
 
 		 561 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  40.41 
 
 		 576 aa  343  7e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  38.14 
 
 		 571 aa  319  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  39.33 
 
 		 561 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  39.33 
 
 		 563 aa  311  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  38.9 
 
 		 616 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  37.75 
 
 		 589 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  37.23 
 
 		 577 aa  301  2e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  36.32 
 
 		 585 aa  299  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  35.33 
 
 		 633 aa  290  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  35.12 
 
 		 611 aa  287  2.9999999999999996e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  34.19 
 
 		 575 aa  273  5.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  31.16 
 
 		 590 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 557 aa  236  9e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  33.28 
 
 		 575 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  33.74 
 
 		 578 aa  229  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.52 
 
 		 565 aa  225  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  33.97 
 
 		 597 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.86 
 
 		 564 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 		 557 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  33.25 
 
 		 398 aa  191  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  29.18 
 
 		 565 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.9 
 
 		 572 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 556 aa  169  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  47.71 
 
 		 374 aa  148  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  43.18 
 
 		 364 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  37.85 
 
 		 406 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.39 
 
 		 400 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  40.44 
 
 		 431 aa  140  6e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  42.11 
 
 		 458 aa  134  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.61 
 
 		 528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 413 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  41.95 
 
 		 390 aa  130  6e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  36.57 
 
 		 435 aa  125  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.65 
 
 		 423 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.9 
 
 		 378 aa  124  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.97 
 
 		 532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  36.05 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  30.15 
 
 		 447 aa  98.6  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  33.12 
 
 		 392 aa  93.2  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.46 
 
 		 441 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.44 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  37.11 
 
 		 419 aa  82.4  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.99 
 
 		 520 aa  81.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.19 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  58.21 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.26 
 
 		 477 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  33.74 
 
 		 411 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.31 
 
 		 492 aa  77  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 		 430 aa  77  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.68 
 
 		 471 aa  76.6  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  63.93 
 
 		 86 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.99 
 
 		 477 aa  74.7  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  26.27 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.72 
 
 		 495 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 457 aa  66.6  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.06 
 
 		 429 aa  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.88 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 394 aa  62.8  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  29.45 
 
 		 501 aa  62.4  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  25.62 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 587 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  22.16 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.32 
 
 		 175 aa  57.8  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3246  hypothetical protein  34.13 
 
 		 454 aa  56.2  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  28.22 
 
 		 454 aa  55.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  26.92 
 
 		 363 aa  55.5  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  28.8 
 
 		 460 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  24.24 
 
 		 538 aa  55.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  30.5 
 
 		 368 aa  55.5  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 		 418 aa  54.7  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  21.99 
 
 		 469 aa  54.3  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 433 aa  54.3  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  20.76 
 
 		 511 aa  53.1  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  20.85 
 
 		 427 aa  52.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 395 aa  52.4  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.63 
 
 		 493 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  58.7 
 
 		 532 aa  52  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  46.3 
 
 		 58 aa  51.6  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  52.83 
 
 		 547 aa  50.8  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.17 
 
 		 422 aa  50.8  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  22.22 
 
 		 303 aa  50.1  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  20.43 
 
 		 413 aa  50.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 388 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  28.74 
 
 		 450 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  22.52 
 
 		 354 aa  48.5  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  24.67 
 
 		 402 aa  48.5  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  21.6 
 
 		 430 aa  48.5  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.75 
 
 		 423 aa  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.61 
 
 		 417 aa  47.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  21.59 
 
 		 393 aa  47.4  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  24.57 
 
 		 390 aa  47.4  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  35.8 
 
 		 595 aa  47.4  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  29.9 
 
 		 236 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>