140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3719 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  77.89 
 
 		 584 aa  889    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 585 aa  1204    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  51.18 
 
 		 571 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  42.71 
 
 		 589 aa  428  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  41.68 
 
 		 575 aa  427  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  41.44 
 
 		 611 aa  402  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  40.97 
 
 		 633 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  38.77 
 
 		 577 aa  391  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  39.84 
 
 		 616 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  40.84 
 
 		 612 aa  372  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  41.72 
 
 		 561 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  41.72 
 
 		 563 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  37.54 
 
 		 561 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  36.32 
 
 		 547 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  34.11 
 
 		 557 aa  288  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  35.34 
 
 		 576 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.04 
 
 		 565 aa  243  7.999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  30.82 
 
 		 575 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  34.04 
 
 		 578 aa  238  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  29.91 
 
 		 590 aa  224  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  29.98 
 
 		 565 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  31.61 
 
 		 564 aa  207  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  29.45 
 
 		 557 aa  203  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 		 556 aa  190  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  32.66 
 
 		 597 aa  172  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.86 
 
 		 572 aa  170  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  47.06 
 
 		 360 aa  153  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.54 
 
 		 398 aa  151  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.65 
 
 		 528 aa  150  8e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.69 
 
 		 520 aa  150  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  25.73 
 
 		 532 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  43.86 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.05 
 
 		 447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  37.38 
 
 		 442 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  39.68 
 
 		 386 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  42.24 
 
 		 397 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  34.88 
 
 		 429 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 		 547 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.06 
 
 		 471 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.19 
 
 		 238 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  25.05 
 
 		 451 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 479 aa  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.08 
 
 		 477 aa  104  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.82 
 
 		 476 aa  98.2  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.79 
 
 		 495 aa  95.9  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  21.01 
 
 		 477 aa  95.5  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  27.8 
 
 		 323 aa  92.8  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  24.7 
 
 		 538 aa  92  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  32.46 
 
 		 368 aa  91.3  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.7 
 
 		 464 aa  91.3  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 595 aa  90.5  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  23.05 
 
 		 514 aa  89.4  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.75 
 
 		 237 aa  88.2  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.2 
 
 		 492 aa  88.2  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.53 
 
 		 490 aa  86.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.93 
 
 		 501 aa  82  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  28.12 
 
 		 1343 aa  81.3  0.00000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  34.32 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 483 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  28.22 
 
 		 435 aa  79.7  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.34 
 
 		 417 aa  78.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.98 
 
 		 433 aa  77  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  55.88 
 
 		 86 aa  75.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.48 
 
 		 460 aa  74.3  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  31.14 
 
 		 380 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.49 
 
 		 390 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  35.77 
 
 		 151 aa  72.8  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  22.58 
 
 		 457 aa  72  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  34.75 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  27.48 
 
 		 454 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.04 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.04 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 426 aa  69.7  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.73 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.47 
 
 		 495 aa  66.6  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 587 aa  64.7  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.07 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.06 
 
 		 532 aa  63.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.89 
 
 		 419 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.08 
 
 		 493 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.35 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.35 
 
 		 642 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30 
 
 		 458 aa  61.6  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  31.33 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  21.29 
 
 		 438 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.92 
 
 		 459 aa  57  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 435 aa  55.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 		 180 aa  55.8  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.79 
 
 		 439 aa  54.7  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  21.59 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 420 aa  54.7  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.32 
 
 		 465 aa  54.3  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  25 
 
 		 459 aa  54.3  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.29 
 
 		 162 aa  53.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  21.28 
 
 		 407 aa  53.5  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.64 
 
 		 401 aa  53.5  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.36 
 
 		 426 aa  53.5  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  22.45 
 
 		 402 aa  52.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>