277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0387 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 
435 aa  890    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  44.77 
 
 
425 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.39 
 
 
433 aa  272  9e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  34.03 
 
 
426 aa  244  3e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  36.67 
 
 
433 aa  224  3e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  34.98 
 
 
442 aa  211  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.82 
 
 
444 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.96 
 
 
237 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  49.36 
 
 
180 aa  167  4e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  41.99 
 
 
392 aa  167  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  40.37 
 
 
290 aa  162  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.56 
 
 
423 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.42 
 
 
436 aa  147  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25.81 
 
 
485 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.47 
 
 
412 aa  138  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.46 
 
 
457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 
454 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  31.71 
 
 
458 aa  129  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.34 
 
 
401 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.97 
 
 
439 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  29.28 
 
 
417 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  30.84 
 
 
426 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.01 
 
 
422 aa  124  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.52 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  25.51 
 
 
442 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 
425 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.8 
 
 
386 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  25.62 
 
 
456 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  24.66 
 
 
448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.12 
 
 
417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.52 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 
419 aa  113  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  26.58 
 
 
420 aa  112  9e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.39 
 
 
423 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.13 
 
 
429 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.98 
 
 
404 aa  106  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 
374 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  32.84 
 
 
514 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  31.93 
 
 
430 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  31.05 
 
 
437 aa  105  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 
429 aa  101  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.87 
 
 
403 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  33.9 
 
 
392 aa  100  5e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.32 
 
 
465 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  34.44 
 
 
557 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  24.47 
 
 
427 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  32.82 
 
 
395 aa  97.8  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.43 
 
 
442 aa  97.8  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  30.59 
 
 
451 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  24.57 
 
 
432 aa  96.7  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.11 
 
 
388 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.84 
 
 
435 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  29.21 
 
 
575 aa  94.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  28.14 
 
 
575 aa  94.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  29.68 
 
 
538 aa  94.4  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.25 
 
 
402 aa  93.6  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.08 
 
 
445 aa  92.8  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  33.53 
 
 
368 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.43 
 
 
428 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  32.53 
 
 
360 aa  91.3  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  25.22 
 
 
401 aa  90.5  5e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.25 
 
 
409 aa  89.7  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.19 
 
 
238 aa  89.7  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 
429 aa  89.4  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.11 
 
 
422 aa  89.4  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  29.59 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.61 
 
 
205 aa  87.8  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 
399 aa  88.2  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  26.15 
 
 
453 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 
434 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.34 
 
 
642 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.78 
 
 
453 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.27 
 
 
471 aa  84.3  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 
434 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.17 
 
 
413 aa  83.2  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.09 
 
 
473 aa  82  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.55 
 
 
492 aa  82  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 
415 aa  82  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  23.96 
 
 
432 aa  81.3  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.94 
 
 
411 aa  81.3  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.15 
 
 
428 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  28.22 
 
 
585 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.75 
 
 
584 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  24.05 
 
 
447 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  22.81 
 
 
589 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 
456 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  22.48 
 
 
416 aa  77.4  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 
428 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 
393 aa  77  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  23.54 
 
 
390 aa  77  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.19 
 
 
464 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 
438 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21.68 
 
 
411 aa  76.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 
413 aa  76.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.85 
 
 
424 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 
407 aa  75.9  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
432 aa  74.3  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  24.4 
 
 
462 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  24.45 
 
 
427 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>