178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4012 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 436 aa  890    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  36.93 
 
 		 442 aa  209  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  35.82 
 
 		 451 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  37.4 
 
 		 360 aa  192  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  38.51 
 
 		 429 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  36.62 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  33.82 
 
 		 397 aa  162  9e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  40.4 
 
 		 575 aa  153  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.68 
 
 		 238 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.42 
 
 		 435 aa  147  5e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  43.86 
 
 		 585 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  43.86 
 
 		 584 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  39.59 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.49 
 
 		 471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.97 
 
 		 412 aa  112  9e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.21 
 
 		 433 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.64 
 
 		 575 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.51 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 642 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.86 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.68 
 
 		 465 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  22.73 
 
 		 490 aa  99.4  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.92 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.92 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  28.57 
 
 		 538 aa  96.3  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.28 
 
 		 464 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 426 aa  92.4  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  46.46 
 
 		 151 aa  90.5  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 392 aa  90.1  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.45 
 
 		 425 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 437 aa  88.6  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.83 
 
 		 479 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.97 
 
 		 380 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 425 aa  86.7  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.8 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.64 
 
 		 420 aa  84.7  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.33 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.6 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.41 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  24.92 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.76 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 374 aa  80.9  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  24.09 
 
 		 401 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  27.04 
 
 		 448 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 428 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.77 
 
 		 439 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  32.18 
 
 		 514 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.52 
 
 		 390 aa  78.2  0.0000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.44 
 
 		 442 aa  77.4  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.53 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 401 aa  77  0.0000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.2 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  23.66 
 
 		 458 aa  75.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  35.2 
 
 		 180 aa  75.9  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  26.64 
 
 		 315 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.76 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  24.86 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  29.48 
 
 		 485 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.86 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.83 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  24.58 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.67 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.21 
 
 		 457 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 435 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  21.08 
 
 		 419 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.25 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  22.38 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 595 aa  67.4  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.25 
 
 		 444 aa  67  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.89 
 
 		 447 aa  66.6  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.47 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  24.53 
 
 		 459 aa  65.5  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.12 
 
 		 413 aa  65.1  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  22.99 
 
 		 474 aa  63.5  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 557 aa  63.2  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.48 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  20.19 
 
 		 407 aa  63.2  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  21.75 
 
 		 447 aa  62.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 547 aa  61.6  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.93 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.3 
 
 		 477 aa  60.8  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.04 
 
 		 446 aa  60.5  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  24.24 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25.89 
 
 		 416 aa  60.1  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  22.06 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21.23 
 
 		 442 aa  60.1  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.12 
 
 		 411 aa  59.7  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  21.47 
 
 		 473 aa  59.7  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  21.49 
 
 		 474 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  20.52 
 
 		 412 aa  59.7  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.48 
 
 		 384 aa  59.3  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.94 
 
 		 424 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.16 
 
 		 476 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.46 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.01 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>