121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3227 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 575 aa  1169    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  52.32 
 
 		 597 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  39.11 
 
 		 564 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.4 
 
 		 471 aa  310  5e-83  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  32.5 
 
 		 575 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  32.8 
 
 		 584 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  32.36 
 
 		 538 aa  253  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  30.83 
 
 		 557 aa  244  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  33.28 
 
 		 547 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  34.34 
 
 		 563 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  34.34 
 
 		 561 aa  233  7.000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  33.28 
 
 		 589 aa  233  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 		 585 aa  226  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  34.01 
 
 		 577 aa  217  5e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  32.13 
 
 		 576 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  31.57 
 
 		 561 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  31.85 
 
 		 612 aa  207  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.58 
 
 		 565 aa  207  6e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  29.22 
 
 		 633 aa  206  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 		 590 aa  204  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  31.18 
 
 		 565 aa  196  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  31 
 
 		 611 aa  194  4e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  31.33 
 
 		 571 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  30.42 
 
 		 616 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  26.98 
 
 		 469 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  28.23 
 
 		 557 aa  172  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.46 
 
 		 398 aa  158  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  29.49 
 
 		 578 aa  156  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  24.19 
 
 		 532 aa  156  9e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  45.79 
 
 		 442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.23 
 
 		 572 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.22 
 
 		 528 aa  143  7e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.86 
 
 		 459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  49.57 
 
 		 151 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  80.56 
 
 		 86 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  40.38 
 
 		 364 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  38.28 
 
 		 429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.5 
 
 		 237 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  35.29 
 
 		 846 aa  110  5e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.51 
 
 		 390 aa  107  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  32.64 
 
 		 436 aa  107  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  33.94 
 
 		 368 aa  105  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  31.6 
 
 		 487 aa  101  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  30.71 
 
 		 396 aa  101  4e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.19 
 
 		 495 aa  100  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  34.08 
 
 		 463 aa  100  9e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.63 
 
 		 556 aa  99  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  32.57 
 
 		 412 aa  97.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.6 
 
 		 490 aa  94.7  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  29.21 
 
 		 435 aa  94.7  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.47 
 
 		 447 aa  93.6  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.02 
 
 		 444 aa  91.7  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  29.41 
 
 		 360 aa  92  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  55.42 
 
 		 292 aa  90.9  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.04 
 
 		 433 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 595 aa  87.8  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  20.96 
 
 		 492 aa  84.7  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 		 479 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  26.24 
 
 		 323 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  30.26 
 
 		 386 aa  82.8  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24 
 
 		 514 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.23 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.82 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  27.18 
 
 		 444 aa  81.3  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  29.27 
 
 		 426 aa  80.1  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  38.1 
 
 		 180 aa  79  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.23 
 
 		 238 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  33.97 
 
 		 649 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.96 
 
 		 464 aa  77.8  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 		 547 aa  77.4  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  38.16 
 
 		 398 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  29.95 
 
 		 437 aa  75.1  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  34.67 
 
 		 549 aa  74.3  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.64 
 
 		 458 aa  74.3  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 		 442 aa  73.2  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 451 aa  73.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.77 
 
 		 520 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.58 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.52 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 		 429 aa  68.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  30.66 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.54 
 
 		 477 aa  67  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  25.71 
 
 		 457 aa  67  0.0000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.88 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  32.24 
 
 		 401 aa  65.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.48 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  22.84 
 
 		 501 aa  65.5  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  27.93 
 
 		 485 aa  65.1  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  31.61 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.72 
 
 		 373 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.18 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.18 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  28.25 
 
 		 450 aa  62.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  28.4 
 
 		 425 aa  62  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.64 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  29.37 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.76 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  23.02 
 
 		 511 aa  56.6  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>