123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1237 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 633 aa  1293    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  48.02 
 
 		 616 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  47.31 
 
 		 612 aa  477  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  42.17 
 
 		 589 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  42.22 
 
 		 571 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  41.06 
 
 		 577 aa  390  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  41.16 
 
 		 585 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  42.83 
 
 		 563 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  42.83 
 
 		 561 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  42.36 
 
 		 611 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  39.87 
 
 		 584 aa  375  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  35.33 
 
 		 547 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  36.27 
 
 		 561 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  34.05 
 
 		 575 aa  265  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  34.99 
 
 		 578 aa  249  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  33.5 
 
 		 576 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  32.13 
 
 		 590 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  32.21 
 
 		 564 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 557 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.18 
 
 		 565 aa  210  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  29.22 
 
 		 575 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.19 
 
 		 495 aa  194  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.43 
 
 		 572 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  30.4 
 
 		 565 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.32 
 
 		 597 aa  189  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  27.06 
 
 		 557 aa  186  9e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 		 556 aa  168  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.19 
 
 		 532 aa  163  7e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  35.38 
 
 		 447 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.75 
 
 		 520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.12 
 
 		 528 aa  128  4.0000000000000003e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.24 
 
 		 398 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.7 
 
 		 492 aa  118  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  29.11 
 
 		 479 aa  102  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  31.47 
 
 		 432 aa  95.9  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  26.47 
 
 		 323 aa  94.4  5e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.69 
 
 		 464 aa  90.9  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  33.54 
 
 		 409 aa  87.8  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  33.54 
 
 		 409 aa  87.8  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.57 
 
 		 477 aa  84.7  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  21.76 
 
 		 501 aa  80.9  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.71 
 
 		 477 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  29.34 
 
 		 469 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.9 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  26.29 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.48 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.43 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 		 547 aa  71.2  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 		 587 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.74 
 
 		 471 aa  70.1  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  22.47 
 
 		 495 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.25 
 
 		 493 aa  68.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  27.38 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  50.85 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  28.88 
 
 		 490 aa  67.4  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  28.22 
 
 		 372 aa  63.2  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.34 
 
 		 413 aa  60.8  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.39 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.39 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.77 
 
 		 433 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  28.17 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  24.48 
 
 		 464 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.52 
 
 		 460 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 595 aa  59.7  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 		 438 aa  59.7  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  28.1 
 
 		 514 aa  59.7  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.53 
 
 		 237 aa  59.7  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.03 
 
 		 435 aa  58.9  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  26.7 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  22.71 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  38.32 
 
 		 86 aa  58.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  29.27 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  31.21 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  27.8 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  29.61 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 		 390 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 473 aa  56.6  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 		 415 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.7 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.49 
 
 		 390 aa  54.3  0.000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 426 aa  54.3  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.96 
 
 		 459 aa  53.9  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  24.05 
 
 		 511 aa  53.1  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.7 
 
 		 411 aa  52.8  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  24.02 
 
 		 400 aa  52.4  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 392 aa  52  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.24 
 
 		 435 aa  52.4  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.47 
 
 		 532 aa  51.2  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 485 aa  50.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  50 
 
 		 58 aa  50.8  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 		 429 aa  50.4  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 393 aa  50.4  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.63 
 
 		 428 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.29 
 
 		 465 aa  49.3  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.19 
 
 		 398 aa  49.3  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  24.1 
 
 		 360 aa  49.3  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.83 
 
 		 453 aa  48.9  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>