117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2862 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 589 aa  1205    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  56.23 
 
 		 611 aa  621  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  49.55 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  44.5 
 
 		 584 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  43.22 
 
 		 585 aa  428  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  42.17 
 
 		 633 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  43.15 
 
 		 612 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  43.49 
 
 		 563 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  43.49 
 
 		 561 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  41.4 
 
 		 577 aa  392  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  43.31 
 
 		 571 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  39.68 
 
 		 616 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  37.75 
 
 		 547 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  34.87 
 
 		 575 aa  306  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  34.98 
 
 		 576 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.92 
 
 		 565 aa  258  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  32.5 
 
 		 565 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  36.04 
 
 		 578 aa  250  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  31.93 
 
 		 557 aa  246  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  31.72 
 
 		 590 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  33.28 
 
 		 575 aa  240  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  33.05 
 
 		 564 aa  221  3.9999999999999997e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  31.68 
 
 		 557 aa  218  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.46 
 
 		 597 aa  191  4e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  39.03 
 
 		 447 aa  173  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  29.67 
 
 		 490 aa  169  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 556 aa  168  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.91 
 
 		 528 aa  164  6e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.16 
 
 		 572 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  31.94 
 
 		 398 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.31 
 
 		 532 aa  147  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.64 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  27.03 
 
 		 479 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.2 
 
 		 464 aa  124  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  37.22 
 
 		 419 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  37.22 
 
 		 419 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.8 
 
 		 477 aa  107  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  35.15 
 
 		 427 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  30.94 
 
 		 323 aa  99.4  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  34.76 
 
 		 459 aa  95.9  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.17 
 
 		 492 aa  94.4  6e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.37 
 
 		 238 aa  94  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  35.37 
 
 		 407 aa  91.7  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  29.1 
 
 		 538 aa  91.3  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 595 aa  89.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.97 
 
 		 495 aa  89.7  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  30.04 
 
 		 547 aa  87.8  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.2 
 
 		 435 aa  87.8  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.63 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  22.83 
 
 		 501 aa  81.3  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  35.29 
 
 		 386 aa  79.7  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.81 
 
 		 435 aa  77.8  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  33.14 
 
 		 380 aa  76.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.12 
 
 		 642 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.46 
 
 		 493 aa  74.7  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  29.09 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.93 
 
 		 514 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.51 
 
 		 471 aa  71.6  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  27.24 
 
 		 587 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  64.91 
 
 		 86 aa  71.2  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.49 
 
 		 457 aa  70.1  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  30.69 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  26.26 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.85 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  24.27 
 
 		 442 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  36.25 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  21.37 
 
 		 495 aa  59.7  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  26.26 
 
 		 236 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.96 
 
 		 402 aa  59.3  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  28.37 
 
 		 151 aa  57.8  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.75 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.89 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  30.34 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.79 
 
 		 413 aa  54.7  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  23.7 
 
 		 386 aa  54.3  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 429 aa  53.9  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  68.42 
 
 		 532 aa  53.9  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.03 
 
 		 238 aa  53.9  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  64.1 
 
 		 460 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.23 
 
 		 401 aa  52.4  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  39.18 
 
 		 409 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  39.18 
 
 		 409 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  52.73 
 
 		 58 aa  52  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.71 
 
 		 433 aa  51.6  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  28.12 
 
 		 409 aa  51.2  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.44 
 
 		 469 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 		 473 aa  50.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  27.78 
 
 		 392 aa  49.7  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.49 
 
 		 456 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  27.32 
 
 		 487 aa  48.5  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.8 
 
 		 447 aa  48.9  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.93 
 
 		 476 aa  48.1  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 		 426 aa  47.8  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  25.48 
 
 		 263 aa  47.8  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.39 
 
 		 428 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  21.3 
 
 		 394 aa  47.8  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  27.01 
 
 		 439 aa  47.4  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.52 
 
 		 435 aa  46.6  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0513  hypothetical protein  32.67 
 
 		 153 aa  46.6  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>