56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3173 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  100 
 
 		 394 aa  806    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  75.57 
 
 		 396 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  43.64 
 
 		 386 aa  297  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  47.81 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  35.71 
 
 		 394 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  30.37 
 
 		 401 aa  169  7e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  37.02 
 
 		 290 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  40.36 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  43.94 
 
 		 141 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  38.51 
 
 		 430 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.87 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  29.78 
 
 		 433 aa  90.1  6e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  32.98 
 
 		 394 aa  88.2  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.91 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  24.41 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.85 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  33.75 
 
 		 565 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  31.72 
 
 		 438 aa  72  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  32.73 
 
 		 363 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 429 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.25 
 
 		 417 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.42 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  27.65 
 
 		 413 aa  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.88 
 
 		 511 aa  63.5  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.95 
 
 		 435 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  31.3 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  29.41 
 
 		 453 aa  56.6  0.0000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.8 
 
 		 238 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.38 
 
 		 642 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  24.1 
 
 		 454 aa  53.5  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.59 
 
 		 390 aa  53.5  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  20.38 
 
 		 419 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  20.38 
 
 		 419 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  25 
 
 		 457 aa  52.8  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  27.94 
 
 		 398 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.19 
 
 		 436 aa  51.6  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  22.67 
 
 		 354 aa  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.72 
 
 		 464 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.78 
 
 		 436 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.35 
 
 		 453 aa  50.4  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.08 
 
 		 439 aa  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 611 aa  49.3  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  24.85 
 
 		 571 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.85 
 
 		 442 aa  47.4  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  21.3 
 
 		 589 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 		 392 aa  46.2  0.0009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  28.24 
 
 		 578 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  29.63 
 
 		 1362 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  21.18 
 
 		 386 aa  45.8  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  20.36 
 
 		 390 aa  45.4  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  23.3 
 
 		 561 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  26.19 
 
 		 459 aa  43.5  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  27.43 
 
 		 450 aa  43.1  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>