146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2467 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 438 aa  909    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  38.79 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  32.66 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  30.18 
 
 		 446 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  31.71 
 
 		 412 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.43 
 
 		 620 aa  157  4e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.43 
 
 		 378 aa  152  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  28.94 
 
 		 422 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  28 
 
 		 404 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  33.22 
 
 		 285 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.62 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 		 453 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  22.35 
 
 		 424 aa  117  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  28.62 
 
 		 400 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  29.69 
 
 		 290 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.36 
 
 		 428 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  29.16 
 
 		 416 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.57 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.66 
 
 		 417 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.32 
 
 		 429 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  32.89 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  32.89 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  37.4 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  32.03 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  26.89 
 
 		 398 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.82 
 
 		 401 aa  101  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 		 420 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 		 430 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  35.94 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.83 
 
 		 433 aa  100  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  22.82 
 
 		 451 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  30.16 
 
 		 430 aa  94.4  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  40.3 
 
 		 564 aa  92.8  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  24.63 
 
 		 428 aa  90.5  6e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.43 
 
 		 432 aa  87  6e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  34.21 
 
 		 612 aa  87  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  25.32 
 
 		 412 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  25 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.35 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.84 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  33.81 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  31.72 
 
 		 386 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  25.27 
 
 		 422 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  25.65 
 
 		 454 aa  79  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  37.6 
 
 		 561 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  37.6 
 
 		 563 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  32.67 
 
 		 382 aa  79  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.87 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  24.83 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  25.2 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.56 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  30.69 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.81 
 
 		 400 aa  76.6  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  29.73 
 
 		 425 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 		 434 aa  76.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.98 
 
 		 428 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.88 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  25.37 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.77 
 
 		 447 aa  73.2  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.11 
 
 		 423 aa  73.2  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  29.35 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  29.79 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.95 
 
 		 528 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 		 413 aa  72.8  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  28.88 
 
 		 590 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  31.72 
 
 		 394 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 419 aa  69.7  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  37.63 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.68 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.1 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  28.67 
 
 		 511 aa  65.9  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 390 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.87 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  32.85 
 
 		 501 aa  64.7  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  22.76 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  22.76 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  21.35 
 
 		 549 aa  64.3  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.53 
 
 		 400 aa  63.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  21.94 
 
 		 471 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  21.3 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.12 
 
 		 444 aa  60.8  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 438 aa  61.2  0.00000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  35.04 
 
 		 398 aa  60.5  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  42.86 
 
 		 555 aa  59.7  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.71 
 
 		 439 aa  59.3  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  27.89 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  22.43 
 
 		 438 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.26 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.45 
 
 		 384 aa  57  0.0000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.11 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  25.74 
 
 		 387 aa  56.2  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  30.6 
 
 		 571 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>