143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2249 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 384 aa  781    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.97 
 
 		 447 aa  199  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  32.64 
 
 		 405 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  37.43 
 
 		 380 aa  114  3e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  41.18 
 
 		 195 aa  114  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 		 349 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  36.97 
 
 		 412 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 400 aa  100  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.65 
 
 		 429 aa  96.3  9e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  31.35 
 
 		 392 aa  95.1  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 456 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  31.82 
 
 		 453 aa  89.7  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  27.01 
 
 		 401 aa  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.94 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  26.69 
 
 		 401 aa  83.6  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.41 
 
 		 415 aa  82.8  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  27.43 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30.72 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.79 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  29.78 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.64 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  22.49 
 
 		 412 aa  77  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  28.25 
 
 		 393 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  28.81 
 
 		 453 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 462 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  29.45 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 		 440 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.27 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.62 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.54 
 
 		 419 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.89 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.29 
 
 		 429 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  24.59 
 
 		 451 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  29.51 
 
 		 420 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.52 
 
 		 460 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.06 
 
 		 162 aa  67.8  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  21.86 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  23.49 
 
 		 549 aa  67  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.6 
 
 		 412 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  32.93 
 
 		 412 aa  66.6  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  28.49 
 
 		 416 aa  66.6  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 485 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  21.91 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.04 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 438 aa  63.5  0.000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  28.87 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.14 
 
 		 457 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 		 414 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  20 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  28.37 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  23.92 
 
 		 411 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  23.92 
 
 		 411 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  21.78 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  27.33 
 
 		 436 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.27 
 
 		 413 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  22.51 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  31.76 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 		 436 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.27 
 
 		 520 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  32.08 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  37.23 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  29.29 
 
 		 444 aa  57  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  22.45 
 
 		 438 aa  57  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 425 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 495 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.97 
 
 		 492 aa  56.2  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 		 416 aa  56.2  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  29.63 
 
 		 418 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.08 
 
 		 620 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  24.5 
 
 		 448 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.2 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  29.63 
 
 		 418 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  25.62 
 
 		 775 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.22 
 
 		 442 aa  56.2  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.19 
 
 		 433 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.02 
 
 		 465 aa  54.7  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 461 aa  54.3  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.82 
 
 		 471 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 612 aa  54.3  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  21.99 
 
 		 395 aa  54.3  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 556 aa  53.9  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.67 
 
 		 528 aa  54.3  0.000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  27.09 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.75 
 
 		 401 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  28.37 
 
 		 390 aa  53.9  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.75 
 
 		 373 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.85 
 
 		 237 aa  52.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  30.95 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.3 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 473 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  23.76 
 
 		 464 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>