210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0605 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
453 aa  903    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.17 
 
 
462 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  35.36 
 
 
438 aa  182  1e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  39.51 
 
 
412 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  39.56 
 
 
393 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  40.8 
 
 
393 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.5 
 
 
425 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  28.38 
 
 
462 aa  130  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  37.11 
 
 
413 aa  127  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  35.58 
 
 
402 aa  124  5e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.42 
 
 
422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.98 
 
 
465 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.36 
 
 
456 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.46 
 
 
439 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  35.16 
 
 
429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 
425 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 
456 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  25.05 
 
 
453 aa  109  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  27.25 
 
 
417 aa  109  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  23.38 
 
 
416 aa  103  9e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.88 
 
 
435 aa  102  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  29.89 
 
 
436 aa  98.6  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.81 
 
 
419 aa  98.2  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.26 
 
 
428 aa  96.7  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.22 
 
 
492 aa  96.7  9e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  27.03 
 
 
417 aa  95.1  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.22 
 
 
464 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 
400 aa  94.4  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 
427 aa  93.6  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 
461 aa  91.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  23.76 
 
 
435 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 
423 aa  88.2  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 
420 aa  87  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  29.47 
 
 
425 aa  86.3  9e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.84 
 
 
442 aa  86.7  9e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  23.32 
 
 
477 aa  86.3  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.95 
 
 
433 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 
402 aa  85.1  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.47 
 
 
384 aa  84.3  0.000000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  30.31 
 
 
374 aa  84.3  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  23.87 
 
 
405 aa  83.6  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 
429 aa  83.6  0.000000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.94 
 
 
456 aa  83.2  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22 
 
 
427 aa  82.4  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  23.69 
 
 
473 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  22.8 
 
 
419 aa  81.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.75 
 
 
413 aa  80.1  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  24.42 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.78 
 
 
424 aa  79.7  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.33 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.77 
 
 
423 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  28.37 
 
 
434 aa  79  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.22 
 
 
453 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.78 
 
 
413 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.39 
 
 
388 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.98 
 
 
399 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  25.4 
 
 
411 aa  76.3  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.85 
 
 
442 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  29.59 
 
 
401 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  33.06 
 
 
412 aa  75.5  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.82 
 
 
419 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 
407 aa  73.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.3 
 
 
404 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.25 
 
 
409 aa  73.9  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.01 
 
 
457 aa  73.6  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  23.75 
 
 
562 aa  73.2  0.000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.08 
 
 
390 aa  73.2  0.000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.64 
 
 
460 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.12 
 
 
417 aa  72.4  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.23 
 
 
446 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  26.02 
 
 
453 aa  72.4  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  24.68 
 
 
422 aa  71.2  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.56 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  21.98 
 
 
426 aa  70.1  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  26.76 
 
 
402 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.87 
 
 
415 aa  70.1  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 
442 aa  69.3  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  22.77 
 
 
405 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  24.08 
 
 
415 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  23.77 
 
 
454 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.54 
 
 
433 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 
400 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 
413 aa  67  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  23.39 
 
 
434 aa  66.6  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 
447 aa  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  22.66 
 
 
390 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.84 
 
 
445 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.29 
 
 
444 aa  65.1  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.8 
 
 
432 aa  65.1  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.91 
 
 
495 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1460  type I restriction-modification system, S subunit, putative  20.22 
 
 
446 aa  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  22.86 
 
 
448 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 
477 aa  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 
427 aa  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  20.52 
 
 
412 aa  63.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  22.28 
 
 
457 aa  62.4  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.35 
 
 
611 aa  62.8  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  23.23 
 
 
430 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  21.59 
 
 
775 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  24.59 
 
 
392 aa  62  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>