204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_4252 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 462 aa  962    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  31.11 
 
 		 477 aa  186  8e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  30.3 
 
 		 464 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.67 
 
 		 443 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.72 
 
 		 456 aa  179  8e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  29.06 
 
 		 461 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  29.28 
 
 		 448 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  30.95 
 
 		 453 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  47.09 
 
 		 412 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  30.15 
 
 		 429 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  31.4 
 
 		 456 aa  166  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.82 
 
 		 453 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  30.1 
 
 		 487 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  33.78 
 
 		 428 aa  161  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  30.79 
 
 		 457 aa  158  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  28.03 
 
 		 451 aa  150  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  35.44 
 
 		 437 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 		 439 aa  143  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  29.57 
 
 		 438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  29.62 
 
 		 436 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  27.48 
 
 		 458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.83 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  27.33 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  33.01 
 
 		 422 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27.84 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  27.45 
 
 		 425 aa  124  5e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  25.51 
 
 		 474 aa  123  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.52 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  34.62 
 
 		 416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.94 
 
 		 477 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.67 
 
 		 427 aa  120  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  27.72 
 
 		 432 aa  120  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.37 
 
 		 429 aa  120  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.63 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  37.82 
 
 		 616 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 463 aa  117  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  39.77 
 
 		 846 aa  117  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  34.38 
 
 		 435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  29.73 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.96 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 		 395 aa  114  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  25.47 
 
 		 447 aa  113  6e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.61 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  31.48 
 
 		 419 aa  110  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  24.74 
 
 		 441 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  26.91 
 
 		 474 aa  108  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  37.66 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  25.93 
 
 		 462 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  34.1 
 
 		 456 aa  107  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  33.52 
 
 		 420 aa  106  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 445 aa  106  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  24.63 
 
 		 461 aa  104  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  25.16 
 
 		 458 aa  104  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.67 
 
 		 620 aa  103  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.12 
 
 		 393 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  24.95 
 
 		 448 aa  103  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.95 
 
 		 424 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  33.33 
 
 		 460 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  25.9 
 
 		 397 aa  99  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  25.95 
 
 		 422 aa  98.2  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 438 aa  97.4  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  30.9 
 
 		 436 aa  96.3  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.77 
 
 		 520 aa  95.5  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.78 
 
 		 417 aa  93.6  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  23.61 
 
 		 446 aa  92  2e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  22.96 
 
 		 407 aa  92.4  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 444 aa  92  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.47 
 
 		 532 aa  91.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  32.47 
 
 		 285 aa  87.4  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 428 aa  87  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  23.25 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 		 425 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  24.86 
 
 		 393 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.61 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.77 
 
 		 476 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  26.43 
 
 		 457 aa  80.5  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.96 
 
 		 390 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  32.34 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  32.12 
 
 		 420 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  31.68 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 557 aa  77.4  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.26 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  29.95 
 
 		 425 aa  74.3  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.47 
 
 		 473 aa  74.3  0.000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.5 
 
 		 556 aa  73.9  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.15 
 
 		 565 aa  73.2  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.42 
 
 		 469 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.31 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  27.96 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  28.28 
 
 		 439 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  26.78 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  28.57 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 408 aa  69.7  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>