80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1366 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 422 aa  868    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  35.51 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  36.36 
 
 		 438 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  35.13 
 
 		 425 aa  225  1e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  33.73 
 
 		 461 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  33.11 
 
 		 461 aa  219  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  28.37 
 
 		 432 aa  161  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.94 
 
 		 422 aa  160  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  29.7 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.22 
 
 		 441 aa  145  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.97 
 
 		 456 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.1 
 
 		 445 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  27.23 
 
 		 437 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  29.85 
 
 		 428 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 453 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  30.13 
 
 		 477 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  27.19 
 
 		 446 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  26.36 
 
 		 448 aa  120  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 463 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  24.67 
 
 		 436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  26.1 
 
 		 474 aa  114  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  26.71 
 
 		 439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.93 
 
 		 416 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 		 429 aa  110  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  27.19 
 
 		 447 aa  110  5e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  25.06 
 
 		 487 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  27.25 
 
 		 413 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  25.17 
 
 		 441 aa  107  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  26.3 
 
 		 448 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  28.82 
 
 		 458 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.72 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  24.12 
 
 		 474 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  22.8 
 
 		 458 aa  100  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  26.22 
 
 		 462 aa  100  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  31.6 
 
 		 457 aa  99  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.95 
 
 		 462 aa  98.2  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 407 aa  98.2  3e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  30.34 
 
 		 453 aa  96.7  6e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  26.67 
 
 		 464 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.92 
 
 		 443 aa  90.1  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.89 
 
 		 462 aa  88.2  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  28.15 
 
 		 400 aa  89  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.1 
 
 		 444 aa  87.8  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  22.99 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 451 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  26.91 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  45.88 
 
 		 429 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.63 
 
 		 427 aa  65.1  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.44 
 
 		 442 aa  63.5  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  23.54 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  21.09 
 
 		 401 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 267 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 425 aa  55.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  22.02 
 
 		 418 aa  55.1  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  24.86 
 
 		 354 aa  55.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.93 
 
 		 417 aa  53.5  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.88 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  20.57 
 
 		 427 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.21 
 
 		 390 aa  51.2  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.66 
 
 		 430 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  24.1 
 
 		 426 aa  48.5  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  19.23 
 
 		 429 aa  47.8  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  37.5 
 
 		 495 aa  47.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.96 
 
 		 477 aa  46.6  0.0008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  28.19 
 
 		 407 aa  45.1  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  28.19 
 
 		 407 aa  45.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 		 409 aa  45.1  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 		 409 aa  45.1  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  20.74 
 
 		 438 aa  44.3  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.89 
 
 		 425 aa  43.9  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  35.94 
 
 		 587 aa  43.5  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.07 
 
 		 456 aa  43.9  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.15 
 
 		 457 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.62 
 
 		 442 aa  43.5  0.008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 419 aa  43.1  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>