115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1860 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  100 
 
 
474 aa  979    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  49.25 
 
 
474 aa  444  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  54.48 
 
 
444 aa  306  7e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  32.4 
 
 
458 aa  226  8e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  33.63 
 
 
457 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.84 
 
 
445 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  33.26 
 
 
432 aa  222  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  47.71 
 
 
451 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  49.78 
 
 
448 aa  212  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  49.52 
 
 
462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  46.34 
 
 
400 aa  193  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  45.05 
 
 
425 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  29.42 
 
 
461 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  29.26 
 
 
446 aa  173  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  28 
 
 
436 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  29.79 
 
 
463 aa  170  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.22 
 
 
473 aa  169  1e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  28.98 
 
 
437 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  29.22 
 
 
464 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  28.29 
 
 
447 aa  160  6e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  30.65 
 
 
416 aa  159  7e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  28.36 
 
 
448 aa  159  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  27.25 
 
 
461 aa  159  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 
413 aa  158  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  28.12 
 
 
438 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.92 
 
 
422 aa  153  5e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.98 
 
 
453 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  30.17 
 
 
429 aa  152  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  28.22 
 
 
477 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.03 
 
 
443 aa  150  4e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.42 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.81 
 
 
456 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  28.99 
 
 
425 aa  147  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  25.57 
 
 
453 aa  146  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27.96 
 
 
415 aa  144  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  29.35 
 
 
439 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 
419 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.74 
 
 
431 aa  139  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  27.96 
 
 
439 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  27.59 
 
 
458 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.12 
 
 
428 aa  134  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  28.11 
 
 
407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.39 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 
456 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.51 
 
 
462 aa  123  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  25.26 
 
 
441 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  29.27 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.35 
 
 
427 aa  114  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.45 
 
 
462 aa  113  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  25.29 
 
 
429 aa  111  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 
429 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  24.12 
 
 
422 aa  101  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 
395 aa  97.4  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.32 
 
 
442 aa  87  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  22.85 
 
 
442 aa  85.5  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.79 
 
 
418 aa  78.6  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  24.6 
 
 
267 aa  77.4  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.2 
 
 
425 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.17 
 
 
423 aa  75.5  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 
374 aa  74.3  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  34.87 
 
 
159 aa  72.4  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 
407 aa  70.1  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 
403 aa  70.1  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 
403 aa  70.1  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.85 
 
 
423 aa  70.1  0.00000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0041  restriction-modification enzyme subunit s3b  22.74 
 
 
406 aa  69.3  0.0000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.370047  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.62 
 
 
425 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  23.16 
 
 
354 aa  66.2  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  21.7 
 
 
413 aa  65.1  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.64 
 
 
417 aa  63.9  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.11 
 
 
442 aa  62.4  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  21.92 
 
 
446 aa  60.5  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.08 
 
 
439 aa  60.5  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 
412 aa  60.1  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  21.49 
 
 
436 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.63 
 
 
556 aa  58.5  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.82 
 
 
435 aa  58.2  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.3 
 
 
433 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  29.2 
 
 
182 aa  56.2  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  20.49 
 
 
435 aa  55.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  27.46 
 
 
401 aa  55.1  0.000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 
428 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  21.75 
 
 
383 aa  54.7  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.43 
 
 
435 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  21.75 
 
 
423 aa  53.5  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  21.51 
 
 
435 aa  53.5  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  23.59 
 
 
429 aa  53.5  0.000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.72 
 
 
457 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.17 
 
 
424 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  21.19 
 
 
388 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  24.32 
 
 
532 aa  51.2  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  19.9 
 
 
492 aa  50.8  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  22.12 
 
 
417 aa  50.4  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  27.46 
 
 
1343 aa  49.3  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  22.82 
 
 
454 aa  49.7  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  21.43 
 
 
432 aa  49.7  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 
429 aa  48.9  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  25.68 
 
 
799 aa  48.9  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 
442 aa  47.8  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.22 
 
 
393 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>