144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2939 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  100 
 
 		 432 aa  886    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.51 
 
 		 473 aa  296  4e-79  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  34.83 
 
 		 436 aa  252  7e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  35.21 
 
 		 437 aa  245  9e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  33.26 
 
 		 474 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.37 
 
 		 445 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.5 
 
 		 441 aa  202  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  28.83 
 
 		 474 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 		 438 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  33.49 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  30.09 
 
 		 446 aa  181  2e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  30.72 
 
 		 461 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.82 
 
 		 456 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  28.86 
 
 		 461 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  31.26 
 
 		 463 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  32.47 
 
 		 447 aa  173  5.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  31.91 
 
 		 462 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  28.54 
 
 		 464 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.01 
 
 		 428 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.41 
 
 		 453 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.93 
 
 		 422 aa  166  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  30.37 
 
 		 431 aa  165  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  31.13 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  28.37 
 
 		 422 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  29.94 
 
 		 448 aa  161  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  26.24 
 
 		 458 aa  160  5e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  30.93 
 
 		 448 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  28.77 
 
 		 444 aa  159  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.3 
 
 		 443 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.37 
 
 		 439 aa  156  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  29.55 
 
 		 477 aa  155  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  28.03 
 
 		 457 aa  154  4e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.92 
 
 		 413 aa  150  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  29.73 
 
 		 407 aa  147  5e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 456 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  29.13 
 
 		 441 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.99 
 
 		 429 aa  144  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  44.59 
 
 		 407 aa  143  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  25.75 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  27.25 
 
 		 462 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.14 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  24.61 
 
 		 418 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.25 
 
 		 400 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  24.44 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 395 aa  124  3e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  34.01 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  31.86 
 
 		 417 aa  123  8e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  28.1 
 
 		 458 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.72 
 
 		 462 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  33.18 
 
 		 400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  25.23 
 
 		 416 aa  118  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 429 aa  117  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  28.66 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0556  type I restriction enzyme, specificity subunit  33.53 
 
 		 183 aa  98.2  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239636  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  26.11 
 
 		 439 aa  97.8  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.16 
 
 		 425 aa  95.9  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.92 
 
 		 439 aa  95.1  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.84 
 
 		 427 aa  92  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.41 
 
 		 442 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0554  hypothetical protein  37.19 
 
 		 133 aa  84.3  0.000000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0203297  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  30.31 
 
 		 267 aa  83.2  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.96 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  22.62 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.7 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  22.97 
 
 		 374 aa  74.7  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  31.28 
 
 		 799 aa  74.7  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  23.66 
 
 		 354 aa  74.3  0.000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  22.84 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  28.19 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  28.19 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  22.93 
 
 		 425 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  28.7 
 
 		 407 aa  66.2  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.11 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  28.7 
 
 		 407 aa  66.2  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  20.6 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 425 aa  65.1  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.22 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.95 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.01 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  21.34 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.74 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 457 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  26.22 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  27.21 
 
 		 430 aa  60.1  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  20.18 
 
 		 412 aa  60.1  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.05 
 
 		 435 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.48 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.19 
 
 		 464 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  25.5 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 454 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.42 
 
 		 402 aa  54.7  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.42 
 
 		 492 aa  54.3  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0041  restriction-modification enzyme subunit s3b  32.8 
 
 		 406 aa  54.3  0.000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.370047  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.39 
 
 		 469 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  20.54 
 
 		 413 aa  53.9  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 477 aa  53.5  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>