210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4042 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
428 aa  885    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  25.98 
 
 
456 aa  161  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.64 
 
 
426 aa  156  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  31.62 
 
 
429 aa  150  6e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  36.25 
 
 
409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.3 
 
 
415 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  39.32 
 
 
411 aa  143  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  33.76 
 
 
315 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.32 
 
 
393 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.7 
 
 
424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  42.26 
 
 
453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.11 
 
 
422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  29.84 
 
 
432 aa  130  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  27.21 
 
 
417 aa  130  7.000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  28.17 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  41.32 
 
 
405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 
425 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  31.9 
 
 
394 aa  120  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  34.38 
 
 
456 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 
442 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 
387 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 
413 aa  113  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 
429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28.2 
 
 
439 aa  109  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  23.63 
 
 
393 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.18 
 
 
465 aa  107  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.85 
 
 
413 aa  99.8  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.16 
 
 
409 aa  97.4  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 
425 aa  96.3  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.54 
 
 
413 aa  95.1  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 
385 aa  95.1  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  29.26 
 
 
417 aa  92.4  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.44 
 
 
423 aa  92.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.69 
 
 
456 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  32.48 
 
 
426 aa  91.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.08 
 
 
423 aa  90.1  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.8 
 
 
374 aa  89.4  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.12 
 
 
462 aa  87  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.57 
 
 
402 aa  87.4  5e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.69 
 
 
432 aa  87  6e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.06 
 
 
477 aa  86.3  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.53 
 
 
433 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.26 
 
 
453 aa  84  0.000000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.55 
 
 
565 aa  83.6  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.06 
 
 
417 aa  83.2  0.000000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.68 
 
 
520 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 
438 aa  82  0.00000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.34 
 
 
433 aa  81.6  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26 
 
 
457 aa  80.1  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 
436 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.43 
 
 
476 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.38 
 
 
435 aa  77.4  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.06 
 
 
404 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.72 
 
 
194 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 
427 aa  75.9  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  27.18 
 
 
419 aa  75.5  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  28.21 
 
 
414 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  22.43 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  26.53 
 
 
435 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  24.27 
 
 
416 aa  73.9  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  27.23 
 
 
425 aa  73.6  0.000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  26.58 
 
 
834 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  23.4 
 
 
430 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.47 
 
 
620 aa  72.8  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  26.15 
 
 
434 aa  72.8  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  28.66 
 
 
458 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.22 
 
 
408 aa  72.8  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  23.8 
 
 
419 aa  72.4  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  23.59 
 
 
437 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  25.72 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 
427 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.49 
 
 
429 aa  71.2  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.95 
 
 
442 aa  70.5  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  21.46 
 
 
464 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 
450 aa  69.3  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 
511 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
444 aa  69.3  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  22.58 
 
 
454 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  21.14 
 
 
461 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.08 
 
 
435 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.17 
 
 
402 aa  67.8  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  25.68 
 
 
397 aa  67  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  22.78 
 
 
211 aa  67  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 
420 aa  66.2  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  21.67 
 
 
411 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 
549 aa  66.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  23.56 
 
 
562 aa  65.5  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  26.87 
 
 
392 aa  65.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.63 
 
 
400 aa  65.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.21 
 
 
238 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  25.14 
 
 
416 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  22.92 
 
 
775 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 
405 aa  64.3  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  27.03 
 
 
420 aa  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.1 
 
 
462 aa  63.2  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  24.23 
 
 
417 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 
434 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  27.62 
 
 
406 aa  62.4  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  20.7 
 
 
380 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  24.22 
 
 
428 aa  61.2  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>