131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_0500 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 413 aa  857    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  37.37 
 
 		 458 aa  159  8e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.02 
 
 		 378 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.22 
 
 		 400 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  31.69 
 
 		 431 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  30.74 
 
 		 364 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  33.9 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  36.84 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  25.99 
 
 		 547 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.47 
 
 		 374 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 406 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  33.98 
 
 		 435 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  31.09 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 		 428 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  32.65 
 
 		 390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  24.55 
 
 		 441 aa  106  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  28.57 
 
 		 432 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.58 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.7 
 
 		 429 aa  102  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 374 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.04 
 
 		 413 aa  99.8  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  31.82 
 
 		 416 aa  98.2  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.9 
 
 		 417 aa  95.5  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.54 
 
 		 442 aa  96.3  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  23.56 
 
 		 430 aa  93.2  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.53 
 
 		 428 aa  93.2  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.85 
 
 		 439 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.14 
 
 		 417 aa  89.4  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 		 429 aa  89  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.87 
 
 		 465 aa  83.6  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 		 427 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  28.95 
 
 		 400 aa  80.9  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  28.97 
 
 		 416 aa  79.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.77 
 
 		 444 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  28.2 
 
 		 436 aa  77  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  26.91 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.22 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.7 
 
 		 423 aa  73.9  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.79 
 
 		 477 aa  72.8  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  26.7 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.65 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.98 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  32.16 
 
 		 364 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.03 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.97 
 
 		 435 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  31.34 
 
 		 428 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.62 
 
 		 422 aa  68.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.17 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  28.38 
 
 		 419 aa  67  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 425 aa  66.6  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  30.07 
 
 		 340 aa  66.2  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.09 
 
 		 562 aa  65.5  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  21.7 
 
 		 474 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  28.96 
 
 		 429 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.2 
 
 		 442 aa  63.5  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.69 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  22.61 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.76 
 
 		 303 aa  62.4  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  29.45 
 
 		 464 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  22.8 
 
 		 446 aa  62  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.67 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  26 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.93 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  23.56 
 
 		 175 aa  58.2  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  31.65 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  33.09 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 		 414 aa  57  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.96 
 
 		 422 aa  57  0.0000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.33 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.83 
 
 		 411 aa  56.2  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.93 
 
 		 532 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  21.29 
 
 		 401 aa  55.1  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.11 
 
 		 393 aa  55.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  23.99 
 
 		 403 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  19.19 
 
 		 436 aa  54.7  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  21.53 
 
 		 424 aa  54.3  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.21 
 
 		 238 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  23.02 
 
 		 290 aa  54.3  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.02 
 
 		 417 aa  53.5  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 392 aa  52.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  21.93 
 
 		 444 aa  52.4  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.14 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  20.81 
 
 		 454 aa  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.38 
 
 		 445 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  29.9 
 
 		 456 aa  51.6  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  21.96 
 
 		 426 aa  51.2  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.18 
 
 		 435 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 		 427 aa  50.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  32.71 
 
 		 430 aa  50.1  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 		 407 aa  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  18.96 
 
 		 428 aa  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.93 
 
 		 409 aa  49.7  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  30.93 
 
 		 426 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>