92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2743 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  100 
 
 		 175 aa  362  1e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  37.5 
 
 		 419 aa  105  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  32.18 
 
 		 388 aa  104  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  30.63 
 
 		 427 aa  90.9  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  31.55 
 
 		 439 aa  89.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 397 aa  86.3  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 493 aa  83.2  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  34.75 
 
 		 387 aa  81.6  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.95 
 
 		 413 aa  79  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.3 
 
 		 386 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 		 392 aa  78.2  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  32.19 
 
 		 393 aa  78.2  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 		 495 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 		 414 aa  75.1  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  31.43 
 
 		 360 aa  74.3  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.86 
 
 		 442 aa  74.3  0.0000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  29.3 
 
 		 351 aa  73.9  0.0000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 417 aa  71.2  0.000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 429 aa  71.2  0.000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.49 
 
 		 373 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  27.92 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.27 
 
 		 501 aa  69.3  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  26.61 
 
 		 400 aa  67.4  0.00000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.85 
 
 		 364 aa  67  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.49 
 
 		 390 aa  67  0.0000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.17 
 
 		 419 aa  65.5  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  29.73 
 
 		 422 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 477 aa  65.1  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  27.81 
 
 		 390 aa  64.7  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.48 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  28.98 
 
 		 587 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.33 
 
 		 388 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30.25 
 
 		 395 aa  62.8  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.49 
 
 		 416 aa  62.4  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 		 405 aa  61.6  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  30.14 
 
 		 406 aa  61.2  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  22.88 
 
 		 418 aa  61.2  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  22.88 
 
 		 418 aa  61.2  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.95 
 
 		 378 aa  61.2  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.83 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  26.9 
 
 		 476 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  23.85 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.33 
 
 		 374 aa  58.9  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 		 413 aa  58.2  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  25.32 
 
 		 547 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  25.66 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  27.5 
 
 		 340 aa  57  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.79 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.04 
 
 		 532 aa  55.5  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.55 
 
 		 528 aa  54.7  0.0000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 477 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  22.08 
 
 		 363 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.75 
 
 		 444 aa  53.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  25.56 
 
 		 364 aa  52.4  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.12 
 
 		 354 aa  52  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.12 
 
 		 303 aa  52.4  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.29 
 
 		 565 aa  51.6  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25 
 
 		 382 aa  49.3  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  23.93 
 
 		 364 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 435 aa  48.5  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.33 
 
 		 479 aa  47.8  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 		 368 aa  47.8  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 		 391 aa  47.4  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 564 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  27.68 
 
 		 371 aa  47.4  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  22.84 
 
 		 430 aa  46.6  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2394  hypothetical protein  32.88 
 
 		 87 aa  46.6  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 616 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 400 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 		 405 aa  46.2  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  24.23 
 
 		 323 aa  45.8  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 		 590 aa  45.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  26.4 
 
 		 1285 aa  45.1  0.0005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.14 
 
 		 520 aa  45.1  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  22.99 
 
 		 402 aa  45.1  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  32.86 
 
 		 395 aa  44.7  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  24.54 
 
 		 458 aa  44.3  0.0009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  21.62 
 
 		 547 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  46.34 
 
 		 595 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.97 
 
 		 427 aa  43.5  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  27.34 
 
 		 424 aa  42.4  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.29 
 
 		 492 aa  42.4  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  28.18 
 
 		 435 aa  42  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  42.86 
 
 		 557 aa  42  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  20.78 
 
 		 431 aa  42  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 		 577 aa  41.6  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.72 
 
 		 453 aa  41.2  0.007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.03 
 
 		 556 aa  41.2  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  20.77 
 
 		 447 aa  41.2  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.77 
 
 		 471 aa  40.8  0.01  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>