108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3768 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 374 aa  738    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  43.31 
 
 		 405 aa  205  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  32.52 
 
 		 422 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  31.25 
 
 		 418 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  31.25 
 
 		 418 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  29.83 
 
 		 415 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  47.56 
 
 		 416 aa  166  9e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  44.51 
 
 		 419 aa  160  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  41.36 
 
 		 397 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.56 
 
 		 388 aa  152  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.04 
 
 		 205 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.87 
 
 		 413 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.04 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  32.76 
 
 		 412 aa  126  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  29.78 
 
 		 364 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.95 
 
 		 373 aa  117  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  34.1 
 
 		 405 aa  116  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  37.68 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  38.79 
 
 		 417 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.94 
 
 		 442 aa  110  3e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  28.9 
 
 		 390 aa  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  51.72 
 
 		 91 aa  100  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  39.04 
 
 		 400 aa  99  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  29.1 
 
 		 392 aa  97.1  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  21.62 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  42.18 
 
 		 399 aa  85.9  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  30.67 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.21 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  34.72 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.98 
 
 		 423 aa  80.1  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  27.59 
 
 		 401 aa  79.7  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  28.93 
 
 		 532 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.23 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  28.24 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  30.5 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  32.84 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31.56 
 
 		 401 aa  75.5  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  22.93 
 
 		 387 aa  74.3  0.000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.09 
 
 		 493 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  29.94 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.22 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.89 
 
 		 386 aa  72.8  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  21.45 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.87 
 
 		 384 aa  69.3  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 426 aa  67.8  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  34.81 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.47 
 
 		 442 aa  66.2  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  24.18 
 
 		 303 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  23.62 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  30.63 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  24.68 
 
 		 354 aa  62.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  26 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  28.31 
 
 		 398 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  24.78 
 
 		 451 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.6 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.83 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.66 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  22.49 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 409 aa  56.2  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 409 aa  56.2  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  31.25 
 
 		 424 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  20.37 
 
 		 400 aa  54.7  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  20.7 
 
 		 435 aa  54.7  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  24.6 
 
 		 428 aa  54.3  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  24.17 
 
 		 425 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.97 
 
 		 374 aa  53.1  0.000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.8 
 
 		 620 aa  53.1  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 413 aa  52.8  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  32.91 
 
 		 483 aa  52.4  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  25.9 
 
 		 412 aa  52.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.45 
 
 		 477 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  22.39 
 
 		 775 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21.5 
 
 		 442 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  37.8 
 
 		 453 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  43.75 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  26.12 
 
 		 412 aa  50.8  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 		 429 aa  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 549 aa  49.7  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  20.4 
 
 		 438 aa  49.3  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.6 
 
 		 428 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.11 
 
 		 422 aa  49.3  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  30.56 
 
 		 866 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 368 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  31.01 
 
 		 395 aa  47.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.66 
 
 		 400 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  20.5 
 
 		 446 aa  47.4  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  25.99 
 
 		 438 aa  47  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.59 
 
 		 406 aa  47  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  19.17 
 
 		 390 aa  47  0.0005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.69 
 
 		 471 aa  47  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  22.15 
 
 		 372 aa  45.8  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0698  hypothetical protein  28.21 
 
 		 127 aa  45.4  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>