90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3010 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  100 
 
 		 388 aa  789    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  54.94 
 
 		 360 aa  265  8e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.54 
 
 		 532 aa  152  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  34.66 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.19 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  28.17 
 
 		 393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.79 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  29.97 
 
 		 387 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 402 aa  97.4  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  27.48 
 
 		 263 aa  97.1  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  27.24 
 
 		 393 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  29.46 
 
 		 386 aa  93.6  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  25.63 
 
 		 500 aa  92  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.22 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  32.32 
 
 		 391 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  27.56 
 
 		 400 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  50.67 
 
 		 364 aa  86.7  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.95 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.64 
 
 		 436 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 		 413 aa  80.1  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  27.02 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  25.4 
 
 		 396 aa  78.6  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  24.63 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.09 
 
 		 430 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  26.95 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  36 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  29.06 
 
 		 383 aa  68.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  36.15 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.94 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  21.53 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  21.43 
 
 		 380 aa  66.6  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  40.48 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  25.11 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 464 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.72 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.85 
 
 		 390 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  23.71 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  22.03 
 
 		 411 aa  57  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.1 
 
 		 413 aa  57  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.43 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 340 aa  56.2  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.89 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  24.59 
 
 		 469 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.89 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 423 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.35 
 
 		 453 aa  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  26.21 
 
 		 428 aa  51.6  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  24.28 
 
 		 364 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  29.23 
 
 		 416 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.45 
 
 		 471 aa  51.2  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  21.28 
 
 		 437 aa  50.8  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  25.3 
 
 		 419 aa  50.8  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  22.72 
 
 		 430 aa  50.4  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.93 
 
 		 422 aa  50.4  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.04 
 
 		 423 aa  49.7  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  24.72 
 
 		 395 aa  49.7  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  24.24 
 
 		 846 aa  49.7  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  26.72 
 
 		 405 aa  48.9  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.39 
 
 		 419 aa  48.5  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  19.76 
 
 		 425 aa  48.5  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.81 
 
 		 390 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  24 
 
 		 401 aa  47.4  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  24.29 
 
 		 395 aa  47  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 417 aa  47  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  27.81 
 
 		 364 aa  47  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  21.19 
 
 		 454 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  29.5 
 
 		 575 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  22.39 
 
 		 438 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 		 434 aa  45.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  29.25 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.04 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.07 
 
 		 378 aa  44.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21.01 
 
 		 442 aa  44.7  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.49 
 
 		 238 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  19.28 
 
 		 285 aa  44.3  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 		 392 aa  43.9  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 		 415 aa  43.9  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.21 
 
 		 477 aa  43.5  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  20.68 
 
 		 456 aa  43.5  0.007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.55 
 
 		 417 aa  43.1  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.18 
 
 		 444 aa  43.1  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  22.35 
 
 		 460 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 225 aa  43.1  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  25.41 
 
 		 578 aa  42.7  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>