162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2028 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 391 aa  811    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  36.34 
 
 		 395 aa  226  6e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.76 
 
 		 393 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  32.67 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  37.54 
 
 		 364 aa  140  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.43 
 
 		 402 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  31.7 
 
 		 400 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  28.68 
 
 		 380 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  27.48 
 
 		 412 aa  123  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.72 
 
 		 400 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.09 
 
 		 453 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 387 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  23.43 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  25.06 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.37 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  26.11 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 383 aa  97.4  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  31.58 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.77 
 
 		 388 aa  93.6  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.53 
 
 		 436 aa  90.1  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.32 
 
 		 388 aa  89.7  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  28.28 
 
 		 386 aa  87  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.22 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.29 
 
 		 459 aa  84.3  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  29.35 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 		 394 aa  84  0.000000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  38.4 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.19 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.66 
 
 		 443 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 500 aa  79  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 420 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  23.4 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.42 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  27.13 
 
 		 834 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  23.79 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.06 
 
 		 439 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.47 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  31.32 
 
 		 425 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.5 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.87 
 
 		 476 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  26.11 
 
 		 428 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.36 
 
 		 413 aa  67  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  21.88 
 
 		 404 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.29 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  21.14 
 
 		 416 aa  63.5  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  22.83 
 
 		 438 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.54 
 
 		 464 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.09 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  19.17 
 
 		 414 aa  60.1  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  26.94 
 
 		 395 aa  59.7  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  21.28 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.29 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.46 
 
 		 422 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  27.71 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  27.03 
 
 		 364 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  23.98 
 
 		 396 aa  55.8  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  28.75 
 
 		 511 aa  55.5  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.39 
 
 		 457 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.05 
 
 		 390 aa  55.1  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  28.05 
 
 		 162 aa  54.7  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.39 
 
 		 398 aa  54.7  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.15 
 
 		 401 aa  54.3  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.36 
 
 		 415 aa  53.9  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.73 
 
 		 417 aa  54.3  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  19.7 
 
 		 386 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  23.25 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  23.25 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  20.05 
 
 		 432 aa  53.5  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.41 
 
 		 445 aa  53.5  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  24.41 
 
 		 409 aa  53.1  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  25 
 
 		 382 aa  53.1  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  21.89 
 
 		 426 aa  53.1  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  40.85 
 
 		 576 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  27.01 
 
 		 424 aa  52.8  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  21.81 
 
 		 446 aa  52.4  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  21.66 
 
 		 392 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.73 
 
 		 386 aa  52.8  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.79 
 
 		 492 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 438 aa  51.6  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2366  N-6 DNA methylase  28.89 
 
 		 600 aa  52.4  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.192506 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.14 
 
 		 456 aa  51.6  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.67 
 
 		 456 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  22.74 
 
 		 454 aa  51.2  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 425 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  27.39 
 
 		 438 aa  50.1  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 392 aa  50.1  0.00007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.17 
 
 		 427 aa  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 		 587 aa  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.47 
 
 		 384 aa  49.7  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  21.72 
 
 		 451 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>