74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3673 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 410 aa  840    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  66.83 
 
 		 413 aa  289  6e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  39.54 
 
 		 409 aa  230  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  36.05 
 
 		 405 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  35.16 
 
 		 419 aa  209  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  48.59 
 
 		 349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  31.87 
 
 		 400 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.45 
 
 		 388 aa  173  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.24 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.85 
 
 		 453 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  34.66 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  32.44 
 
 		 413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.73 
 
 		 411 aa  110  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 434 aa  110  5e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.03 
 
 		 443 aa  110  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.25 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  27.18 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.46 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  23.81 
 
 		 423 aa  97.1  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  25.3 
 
 		 383 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  23.98 
 
 		 417 aa  93.2  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 		 409 aa  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 		 409 aa  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.81 
 
 		 404 aa  90.5  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  27.72 
 
 		 427 aa  87.4  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  29.35 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  35.03 
 
 		 395 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.54 
 
 		 411 aa  80.1  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.23 
 
 		 427 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  21.4 
 
 		 435 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  23.44 
 
 		 834 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 437 aa  67.4  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  20.09 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.72 
 
 		 473 aa  63.5  0.000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  24.41 
 
 		 414 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.17 
 
 		 424 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.15 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  24.74 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  22.41 
 
 		 415 aa  57  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  29.49 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  25.18 
 
 		 225 aa  55.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  26.09 
 
 		 395 aa  54.3  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  19.45 
 
 		 392 aa  54.3  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  24.42 
 
 		 381 aa  53.5  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.14 
 
 		 400 aa  53.5  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  23.55 
 
 		 477 aa  53.5  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  19.92 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  20.11 
 
 		 562 aa  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  23.34 
 
 		 448 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1852  anti-codon nuclease masking agent  25.51 
 
 		 165 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.99 
 
 		 408 aa  50.8  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.71 
 
 		 445 aa  50.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  21 
 
 		 402 aa  49.7  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.37 
 
 		 453 aa  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.15 
 
 		 419 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  20.94 
 
 		 500 aa  47.8  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  34.57 
 
 		 426 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  22.34 
 
 		 457 aa  47  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.26 
 
 		 425 aa  46.6  0.0009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  20.95 
 
 		 419 aa  45.8  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  31.87 
 
 		 159 aa  45.8  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.93 
 
 		 476 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 456 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  22.39 
 
 		 285 aa  43.9  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.29 
 
 		 447 aa  43.5  0.007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.77 
 
 		 465 aa  43.5  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  23.94 
 
 		 616 aa  43.5  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  22.28 
 
 		 387 aa  43.1  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 451 aa  43.1  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>