120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0368 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  100 
 
 		 562 aa  1145    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  42.4 
 
 		 399 aa  210  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  36.22 
 
 		 402 aa  133  7.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.29 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  44.94 
 
 		 216 aa  130  7.000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  36.75 
 
 		 419 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  34.02 
 
 		 393 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  42.22 
 
 		 399 aa  128  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  30.06 
 
 		 417 aa  109  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.08 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  31.13 
 
 		 419 aa  107  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.47 
 
 		 411 aa  104  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  30.06 
 
 		 427 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  31.88 
 
 		 401 aa  96.7  9e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  35.51 
 
 		 416 aa  92.8  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.38 
 
 		 404 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.63 
 
 		 432 aa  87.8  5e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0394  hypothetical protein  32.26 
 
 		 1581 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  25.9 
 
 		 381 aa  85.9  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  37.4 
 
 		 616 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.75 
 
 		 424 aa  84.7  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  33.33 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  37.78 
 
 		 846 aa  84.7  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  29.34 
 
 		 456 aa  83.2  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  35.16 
 
 		 437 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.81 
 
 		 457 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.04 
 
 		 462 aa  81.6  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.42 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  31.85 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  33.53 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  36.57 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  27.03 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.16 
 
 		 435 aa  73.2  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.67 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.45 
 
 		 416 aa  72.4  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.72 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  28.29 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.38 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.52 
 
 		 620 aa  71.2  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.57 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.53 
 
 		 520 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 		 428 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  37.76 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 392 aa  68.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  29.6 
 
 		 406 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  30.25 
 
 		 420 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.36 
 
 		 438 aa  65.9  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.09 
 
 		 413 aa  65.1  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.94 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.95 
 
 		 460 aa  64.3  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  28.66 
 
 		 402 aa  63.2  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.21 
 
 		 417 aa  60.8  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 434 aa  60.1  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  26.63 
 
 		 563 aa  60.1  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.63 
 
 		 561 aa  60.1  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.23 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 453 aa  59.7  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  20.94 
 
 		 410 aa  59.3  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  38.83 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  27.65 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.85 
 
 		 511 aa  57.4  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  34.27 
 
 		 393 aa  57  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.21 
 
 		 532 aa  57  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  29.33 
 
 		 432 aa  56.2  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.65 
 
 		 423 aa  56.2  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  32.31 
 
 		 422 aa  56.2  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  47.62 
 
 		 429 aa  55.5  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  30.82 
 
 		 1343 aa  54.3  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 403 aa  54.7  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  43.08 
 
 		 287 aa  54.3  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.29 
 
 		 427 aa  54.3  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  38.37 
 
 		 425 aa  53.9  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.35 
 
 		 426 aa  53.9  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  50.88 
 
 		 435 aa  53.5  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  26.35 
 
 		 409 aa  53.5  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  23.03 
 
 		 454 aa  52.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.69 
 
 		 427 aa  52.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  28.24 
 
 		 453 aa  51.6  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  22.73 
 
 		 434 aa  51.2  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  22.69 
 
 		 430 aa  50.8  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.21 
 
 		 417 aa  50.8  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 		 557 aa  50.8  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  23.69 
 
 		 296 aa  50.4  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 349 aa  50.4  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.18 
 
 		 385 aa  50.4  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  28.57 
 
 		 477 aa  50.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  21.68 
 
 		 408 aa  50.1  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  22.49 
 
 		 386 aa  49.7  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  43.08 
 
 		 425 aa  48.9  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  24.03 
 
 		 428 aa  49.3  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  30.21 
 
 		 447 aa  48.9  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  33.88 
 
 		 420 aa  48.5  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  29.41 
 
 		 476 aa  48.1  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 436 aa  47.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.59 
 
 		 407 aa  47.4  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.36 
 
 		 411 aa  47.8  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>