191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3540 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 387 aa  782    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  36.8 
 
 		 393 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  31.41 
 
 		 393 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  30.13 
 
 		 397 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  51.28 
 
 		 417 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.04 
 
 		 402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.83 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.18 
 
 		 401 aa  127  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  25.51 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  38.46 
 
 		 576 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  25.44 
 
 		 495 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  41.83 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  30.83 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.83 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  26.2 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.78 
 
 		 390 aa  116  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  22.47 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 428 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  36.42 
 
 		 456 aa  114  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  38.01 
 
 		 577 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.94 
 
 		 565 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.97 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 450 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  24.94 
 
 		 392 aa  103  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 391 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  26.52 
 
 		 386 aa  103  7e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  30.92 
 
 		 360 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.46 
 
 		 834 aa  102  9e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.09 
 
 		 477 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  33.52 
 
 		 236 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  28.19 
 
 		 368 aa  99.4  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  24.57 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  33.77 
 
 		 511 aa  98.6  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  33.53 
 
 		 458 aa  96.3  9e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  29.11 
 
 		 438 aa  95.9  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  31.64 
 
 		 432 aa  92  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.92 
 
 		 413 aa  91.3  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  33.78 
 
 		 439 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  32.7 
 
 		 416 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  30.87 
 
 		 476 aa  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  35 
 
 		 413 aa  89  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.71 
 
 		 408 aa  88.2  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  30.89 
 
 		 453 aa  88.6  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.67 
 
 		 380 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  30.68 
 
 		 427 aa  86.7  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.32 
 
 		 409 aa  86.3  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  29.87 
 
 		 456 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.53 
 
 		 457 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.77 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 616 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  29.81 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  25.1 
 
 		 263 aa  82  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.71 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.58 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.51 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 500 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  32 
 
 		 408 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  30.07 
 
 		 419 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.34 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 440 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.25 
 
 		 471 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.68 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.67 
 
 		 422 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 		 549 aa  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.09 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.78 
 
 		 194 aa  77.4  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.53 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  32.14 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 405 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  28.81 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  24.19 
 
 		 435 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  32.5 
 
 		 406 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.59 
 
 		 437 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.49 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.07 
 
 		 401 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  26.47 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 		 400 aa  74.3  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  29.55 
 
 		 439 aa  74.3  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  26.01 
 
 		 469 aa  72.8  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.11 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.68 
 
 		 520 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.05 
 
 		 495 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 		 372 aa  69.7  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.13 
 
 		 422 aa  69.7  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 394 aa  69.7  0.00000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.92 
 
 		 162 aa  69.3  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 		 447 aa  69.3  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  29.17 
 
 		 416 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  27.27 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.47 
 
 		 424 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  22.53 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  28.75 
 
 		 395 aa  67  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.51 
 
 		 194 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 425 aa  66.6  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 409 aa  66.2  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 		 418 aa  66.2  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.11 
 
 		 386 aa  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>