119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0198 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 386 aa  790    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  26.32 
 
 		 407 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  26.77 
 
 		 407 aa  107  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  26.73 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  25.42 
 
 		 396 aa  92  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  27.91 
 
 		 364 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  25.68 
 
 		 442 aa  90.5  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.06 
 
 		 435 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  34.36 
 
 		 528 aa  86.7  6e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.34 
 
 		 425 aa  86.7  6e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  31.28 
 
 		 399 aa  87  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  29.36 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.37 
 
 		 457 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.09 
 
 		 426 aa  80.1  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  25.07 
 
 		 456 aa  79.7  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 426 aa  79.7  0.00000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  23.85 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  28.51 
 
 		 363 aa  77.4  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  28 
 
 		 1285 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  26.46 
 
 		 409 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  29.83 
 
 		 511 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 409 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  36.96 
 
 		 459 aa  72.8  0.000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  21.2 
 
 		 438 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  25.88 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  26.48 
 
 		 392 aa  70.9  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.11 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.03 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  22.41 
 
 		 408 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.65 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.65 
 
 		 429 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 394 aa  69.3  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.19 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 		 340 aa  69.3  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 500 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.65 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.99 
 
 		 432 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.19 
 
 		 422 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.51 
 
 		 422 aa  66.2  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  28.11 
 
 		 387 aa  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 427 aa  65.1  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.1 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  38.79 
 
 		 616 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.97 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  25.19 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 556 aa  64.7  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  33.1 
 
 		 233 aa  63.5  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  27.43 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  27.43 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.28 
 
 		 520 aa  63.5  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  21.73 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.72 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 447 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  22.49 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  33.33 
 
 		 476 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.03 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.6 
 
 		 453 aa  60.5  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.17 
 
 		 409 aa  60.5  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  24.23 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  24.1 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  21.29 
 
 		 427 aa  58.9  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.81 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  22.37 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  26.43 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 		 420 aa  57.4  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  24.12 
 
 		 458 aa  56.6  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 392 aa  56.2  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  21.7 
 
 		 211 aa  56.2  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  23.13 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.41 
 
 		 419 aa  55.5  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.01 
 
 		 385 aa  55.5  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.7 
 
 		 401 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.61 
 
 		 436 aa  53.5  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 413 aa  53.5  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  30.19 
 
 		 439 aa  53.5  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.29 
 
 		 417 aa  53.5  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  23.94 
 
 		 393 aa  53.1  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.17 
 
 		 620 aa  53.1  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.57 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  27.73 
 
 		 391 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  21.32 
 
 		 438 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.77 
 
 		 642 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.34 
 
 		 194 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  25.37 
 
 		 401 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.54 
 
 		 427 aa  52.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 285 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  23.13 
 
 		 1343 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 400 aa  50.8  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 456 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 429 aa  50.1  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  22.41 
 
 		 428 aa  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  26.32 
 
 		 413 aa  49.7  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 		 405 aa  49.7  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.58 
 
 		 565 aa  49.7  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  21.03 
 
 		 423 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>