94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1576 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 
399 aa  831    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  44.25 
 
 
400 aa  338  7e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  33.98 
 
 
395 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  33.26 
 
 
413 aa  169  9e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.92 
 
 
401 aa  159  8e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  45.16 
 
 
412 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  38.24 
 
 
528 aa  124  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  33.2 
 
 
395 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.3 
 
 
419 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  32.39 
 
 
363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 
426 aa  111  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  35.11 
 
 
616 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  33.78 
 
 
556 aa  110  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  45.32 
 
 
405 aa  110  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.53 
 
 
442 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 
403 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  30.98 
 
 
364 aa  99.8  8e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  42.18 
 
 
374 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.89 
 
 
453 aa  92.4  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.28 
 
 
386 aa  86.7  6e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  31.94 
 
 
414 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  26.8 
 
 
382 aa  83.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  26.89 
 
 
364 aa  80.5  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.73 
 
 
426 aa  79.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  30.68 
 
 
1285 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  29.74 
 
 
415 aa  75.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28 
 
 
409 aa  69.7  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  27.56 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.95 
 
 
406 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 
511 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 
409 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  28.27 
 
 
532 aa  67.8  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  22.03 
 
 
477 aa  66.2  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.65 
 
 
453 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  22.7 
 
 
500 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.64 
 
 
477 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 
392 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 
438 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 
419 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.33 
 
 
390 aa  60.1  0.00000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.14 
 
 
417 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 
417 aa  58.9  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.64 
 
 
520 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 
432 aa  57.4  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  18.56 
 
 
438 aa  57.8  0.0000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.89 
 
 
476 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  27.14 
 
 
418 aa  57  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.6 
 
 
394 aa  56.2  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  25.55 
 
 
408 aa  55.1  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.8 
 
 
420 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23 
 
 
422 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  28.64 
 
 
414 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 
429 aa  55.5  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  27.43 
 
 
390 aa  54.7  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  25.53 
 
 
387 aa  53.1  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.88 
 
 
456 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24 
 
 
237 aa  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  21.57 
 
 
385 aa  51.2  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.55 
 
 
422 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  26.4 
 
 
1343 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 
447 aa  51.6  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.49 
 
 
565 aa  50.4  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.02 
 
 
385 aa  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  24.15 
 
 
456 aa  49.7  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.91 
 
 
422 aa  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  27.08 
 
 
397 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  31.5 
 
 
416 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  21.15 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  23.14 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  23.14 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 
408 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  23.62 
 
 
450 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25.75 
 
 
402 aa  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  23.86 
 
 
285 aa  47.4  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.11 
 
 
402 aa  47.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.22 
 
 
620 aa  47.4  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.65 
 
 
390 aa  47.4  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.85 
 
 
459 aa  47  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.47 
 
 
479 aa  47  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 
390 aa  47  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.02 
 
 
460 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 
575 aa  46.2  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  32.56 
 
 
866 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.08 
 
 
492 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 
439 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.94 
 
 
400 aa  44.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.85 
 
 
194 aa  44.7  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 
392 aa  44.3  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 
413 aa  43.9  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  21.33 
 
 
490 aa  43.5  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.84 
 
 
433 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.32 
 
 
435 aa  43.5  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  21.41 
 
 
469 aa  42.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 
427 aa  42.7  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>