102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4611 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 561 aa  1152    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  49.55 
 
 		 589 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  46.29 
 
 		 611 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  46.26 
 
 		 547 aa  425  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  38.19 
 
 		 577 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  40.65 
 
 		 576 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  37.54 
 
 		 585 aa  335  9e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.81 
 
 		 584 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  36.14 
 
 		 563 aa  309  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  36.14 
 
 		 561 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  35.52 
 
 		 612 aa  306  6e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  36.22 
 
 		 616 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  36.27 
 
 		 633 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  32.33 
 
 		 575 aa  280  5e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  44.04 
 
 		 571 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 		 557 aa  239  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  32.19 
 
 		 479 aa  236  7e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  32.35 
 
 		 578 aa  220  6e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.92 
 
 		 565 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31.57 
 
 		 575 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  27.26 
 
 		 557 aa  196  7e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  28.35 
 
 		 565 aa  195  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 590 aa  193  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.63 
 
 		 564 aa  191  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  38.15 
 
 		 447 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.37 
 
 		 398 aa  150  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 		 556 aa  150  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.47 
 
 		 572 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  29.25 
 
 		 597 aa  146  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.96 
 
 		 528 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.21 
 
 		 490 aa  126  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  23.45 
 
 		 532 aa  123  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  37.79 
 
 		 419 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  37.79 
 
 		 419 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 477 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.23 
 
 		 520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  34.2 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 595 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.33 
 
 		 435 aa  101  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.08 
 
 		 477 aa  92.8  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  21.25 
 
 		 547 aa  92.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  32.09 
 
 		 459 aa  86.7  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  25.78 
 
 		 323 aa  85.9  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  31.51 
 
 		 418 aa  85.5  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  31.51 
 
 		 418 aa  85.5  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  20.87 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.57 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  30.98 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.6 
 
 		 464 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  30.61 
 
 		 407 aa  82  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  47.73 
 
 		 292 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.29 
 
 		 642 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.58 
 
 		 390 aa  79.3  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  29.9 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.58 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  29.85 
 
 		 425 aa  76.3  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  31.47 
 
 		 412 aa  75.5  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  29.67 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  25.65 
 
 		 383 aa  71.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  25.95 
 
 		 423 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  25.71 
 
 		 501 aa  69.3  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 427 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.5 
 
 		 471 aa  67.8  0.0000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.5 
 
 		 457 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.94 
 
 		 238 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  46.58 
 
 		 86 aa  65.1  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.97 
 
 		 495 aa  63.9  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.49 
 
 		 476 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  24.19 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  30.63 
 
 		 380 aa  62  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  23.16 
 
 		 236 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.3 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  29.5 
 
 		 483 aa  61.2  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  25.83 
 
 		 538 aa  58.9  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  21.12 
 
 		 587 aa  58.2  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.1 
 
 		 493 aa  57.8  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  25.44 
 
 		 514 aa  57  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  22.67 
 
 		 469 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  22.22 
 
 		 457 aa  53.5  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.92 
 
 		 460 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  23.47 
 
 		 511 aa  52.4  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  24.5 
 
 		 386 aa  52  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  30.93 
 
 		 397 aa  51.6  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.18 
 
 		 465 aa  50.8  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 237 aa  50.8  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  18.58 
 
 		 495 aa  50.4  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.6 
 
 		 447 aa  49.3  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  42.59 
 
 		 58 aa  49.3  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.02 
 
 		 450 aa  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 		 402 aa  47.8  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  27.14 
 
 		 413 aa  47.8  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 402 aa  46.6  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  26.61 
 
 		 419 aa  46.6  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  21.95 
 
 		 451 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  23.3 
 
 		 394 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1886  hypothetical protein  31.98 
 
 		 192 aa  44.3  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0912016  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  25.13 
 
 		 432 aa  44.3  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  26.54 
 
 		 409 aa  44.3  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  22.28 
 
 		 454 aa  43.9  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>