67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_2272 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  100 
 
 
399 aa  821    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  47 
 
 
426 aa  305  7e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  43.97 
 
 
414 aa  247  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  40.18 
 
 
405 aa  222  7e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  51.03 
 
 
225 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  30.81 
 
 
382 aa  157  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.27 
 
 
374 aa  151  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1954  restriction endonuclease S subunit  50.67 
 
 
216 aa  149  8e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  48.82 
 
 
399 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  31.98 
 
 
392 aa  145  1e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  44.02 
 
 
562 aa  130  4.0000000000000003e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.18 
 
 
408 aa  126  5e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.98 
 
 
419 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  31.54 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.09 
 
 
398 aa  120  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0816  restriction modification system DNA specificity subunit  31.5 
 
 
267 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 
411 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  57.14 
 
 
161 aa  89.7  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  32.84 
 
 
194 aa  87  6e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.57 
 
 
404 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  26.09 
 
 
457 aa  73.2  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0107  type I restriction modification DNA specificity family protein  43.75 
 
 
85 aa  69.7  0.0000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.517925  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  29.24 
 
 
415 aa  66.2  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 
434 aa  65.5  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 
427 aa  62.8  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  28.41 
 
 
563 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.41 
 
 
561 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 
447 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  25.45 
 
 
381 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  23.58 
 
 
372 aa  58.2  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  28.35 
 
 
422 aa  57  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.46 
 
 
473 aa  53.5  0.000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.38 
 
 
419 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.41 
 
 
419 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.05 
 
 
433 aa  51.6  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  23.89 
 
 
432 aa  52.4  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.41 
 
 
419 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.91 
 
 
412 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25.49 
 
 
485 aa  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  30.91 
 
 
403 aa  49.7  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 
557 aa  49.7  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  32.04 
 
 
408 aa  48.9  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 
401 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  32.79 
 
 
590 aa  47.4  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 
564 aa  47.4  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.2 
 
 
413 aa  47  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.53 
 
 
390 aa  47  0.0006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  27.65 
 
 
387 aa  46.6  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  35.48 
 
 
360 aa  45.8  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  21.45 
 
 
368 aa  45.8  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.61 
 
 
433 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.78 
 
 
411 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 
398 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  24.58 
 
 
589 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  22.6 
 
 
532 aa  44.3  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.3 
 
 
400 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 
417 aa  45.1  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  19.81 
 
 
363 aa  44.3  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  32.05 
 
 
616 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  28.07 
 
 
420 aa  44.3  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  27.56 
 
 
453 aa  44.3  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.68 
 
 
427 aa  43.9  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 
459 aa  43.9  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.17 
 
 
390 aa  43.1  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  38.46 
 
 
402 aa  43.1  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 
419 aa  43.1  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  22.5 
 
 
1343 aa  42.7  0.01  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>