More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1204 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  100 
 
 		 195 aa  403  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 346 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  41.14 
 
 		 337 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 340 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 339 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 332 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 323 aa  136  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 359 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 466 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.22 
 
 		 457 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.69 
 
 		 485 aa  121  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 485 aa  120  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 466 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 466 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.34 
 
 		 466 aa  119  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 485 aa  118  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 466 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 466 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.67 
 
 		 457 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 580 aa  115  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.22 
 
 		 457 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 485 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 466 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 360 aa  115  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 364 aa  115  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  42.86 
 
 		 946 aa  115  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.66 
 
 		 457 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  39.66 
 
 		 457 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  40.46 
 
 		 451 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 482 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  39.64 
 
 		 628 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.33 
 
 		 1278 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.32 
 
 		 1228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.84 
 
 		 1209 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 324 aa  112  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 366 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.84 
 
 		 1209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 325 aa  111  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 460 aa  111  6e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 696 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.76 
 
 		 1000 aa  111  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 452 aa  110  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 346 aa  111  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.11 
 
 		 1215 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  40 
 
 		 516 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  39.05 
 
 		 457 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.11 
 
 		 1215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.11 
 
 		 1215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.78 
 
 		 608 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 325 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 738 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.01 
 
 		 570 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 325 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.34 
 
 		 461 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.77 
 
 		 457 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 564 aa  109  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.89 
 
 		 516 aa  109  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 343 aa  109  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 486 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 486 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 486 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 		 580 aa  109  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 312 aa  109  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 603 aa  108  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 486 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.42 
 
 		 1216 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  40 
 
 		 452 aa  108  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.11 
 
 		 820 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.03 
 
 		 596 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  40.78 
 
 		 325 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 246 aa  108  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 325 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 698 aa  108  6e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 772 aa  108  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.13 
 
 		 476 aa  108  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 483 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 628 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 486 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 304 aa  107  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 490 aa  107  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 357 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.25 
 
 		 462 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 336 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1099 aa  107  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 322 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 466 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 466 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 466 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 466 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 557 aa  106  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 466 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 243 aa  106  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.71 
 
 		 565 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 491 aa  106  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 490 aa  106  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 501 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 753 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  35.71 
 
 		 422 aa  105  3e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>