More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2043 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2043  shikimate-5-dehydrogenase  100 
 
 		 275 aa  534  1e-151  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0503068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6090  shikimate 5-dehydrogenase  74.45 
 
 		 274 aa  345  6e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.545183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  66.67 
 
 		 273 aa  312  2.9999999999999996e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3029  shikimate 5-dehydrogenase  54.7 
 
 		 286 aa  252  5.000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3072  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.18 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.347553  normal  0.491386 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2381  shikimate 5-dehydrogenase  54.55 
 
 		 273 aa  241  7.999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.429433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2067  shikimate dehydrogenase  58.42 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.358861  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1327  shikimate dehydrogenase  57.35 
 
 		 312 aa  223  4e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.364317  normal  0.306318 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3294  shikimate-5-dehydrogenase  50.19 
 
 		 279 aa  218  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000542793  normal  0.0771139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5262  shikimate 5-dehydrogenase  48.89 
 
 		 285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3875  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  49.81 
 
 		 327 aa  201  8e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.352799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17730  shikimate 5-dehydrogenase  48.2 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38267  normal  0.612619 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2349  shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 276 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2396  shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 276 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172866 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2323  shikimate-5-dehydrogenase  47.15 
 
 		 298 aa  192  3e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.326735  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2390  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.450055  normal  0.0474327 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2017  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.52 
 
 		 295 aa  188  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0523182 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2012  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.67 
 
 		 286 aa  188  7e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136382 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1821  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.86 
 
 		 281 aa  186  3e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0659375  normal  0.794818 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3760  shikimate 5-dehydrogenase  46.27 
 
 		 275 aa  185  6e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.321909 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1693  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.88 
 
 		 285 aa  185  6e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3155  shikimate-5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1697  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  48.58 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.271026  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1831  shikimate-5-dehydrogenase  49.8 
 
 		 275 aa  180  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12573  shikimate 5-dehydrogenase  44.03 
 
 		 269 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00059601  normal  0.0993621 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1822  shikimate-5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  178  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319843 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1348  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.7 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1978  shikimate-5-dehydrogenase  46.51 
 
 		 275 aa  176  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.227889  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15300  shikimate 5-dehydrogenase  48.53 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.684406 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2410  shikimate dehydrogenase  48.15 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2275  shikimate dehydrogenase  46.77 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2643  shikimate 5-dehydrogenase  43.96 
 
 		 271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16330  shikimate 5-dehydrogenase  42.75 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0429  shikimate 5-dehydrogenase  39.66 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3211  shikimate dehydrogenase  45.52 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.05 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  26.37 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12690  shikimate 5-dehydrogenase  42.25 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 285 aa  125  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.17 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  37.09 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.95 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 276 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  26.8 
 
 		 300 aa  118  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 273 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.66 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 289 aa  115  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  32.49 
 
 		 1611 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 298 aa  113  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0911  shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.4 
 
 		 397 aa  112  5e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  28.93 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.71 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.19 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  37 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  33.96 
 
 		 269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.45 
 
 		 286 aa  108  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 277 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 		 322 aa  108  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.59 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  37.22 
 
 		 271 aa  105  7e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 360 aa  105  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.16 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.23 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 262 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45535  predicted protein  34.81 
 
 		 835 aa  103  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.370246  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 261 aa  103  4e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.32 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  34.88 
 
 		 280 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12540  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 334 aa  102  5e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00205236  normal  0.478593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>