More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_0496 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
337 aa  682    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  66.86 
 
 
314 aa  445  1.0000000000000001e-124  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  51.52 
 
 
499 aa  306  4.0000000000000004e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  32.42 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  23.17 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04231  LysM domain-containing protein  25.19 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0336  peptidoglycan-binding LysM  23.44 
 
 
256 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.230507  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03621  LysM domain-containing protein  23.26 
 
 
253 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.624755  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03571  LysM domain-containing protein  23.44 
 
 
253 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03561  LysM domain-containing protein  23.83 
 
 
253 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  31.44 
 
 
568 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.3 
 
 
470 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 
173 aa  75.1  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3173  peptidase M23B  39.05 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000536198  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.73 
 
 
327 aa  73.9  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.12 
 
 
593 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.12 
 
 
631 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  40.87 
 
 
557 aa  73.9  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.2 
 
 
637 aa  73.9  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  33.14 
 
 
571 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  42.34 
 
 
563 aa  73.2  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  31.54 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.08 
 
 
840 aa  72.8  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  28.72 
 
 
405 aa  72.4  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  30.95 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.33 
 
 
576 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.91 
 
 
612 aa  70.9  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  27.18 
 
 
602 aa  70.9  0.00000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  33.91 
 
 
612 aa  70.9  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  31.18 
 
 
595 aa  70.5  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  33.87 
 
 
465 aa  69.7  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  36.52 
 
 
503 aa  69.3  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  31.85 
 
 
302 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  37.37 
 
 
250 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  29.91 
 
 
274 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  36 
 
 
448 aa  67.4  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  32.2 
 
 
414 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.26 
 
 
797 aa  67  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  33.85 
 
 
264 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  29.47 
 
 
372 aa  66.6  0.0000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  40 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
596 aa  66.6  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  28.04 
 
 
390 aa  66.2  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  37.14 
 
 
849 aa  66.2  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  21.3 
 
 
509 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  36 
 
 
429 aa  65.5  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  28.12 
 
 
620 aa  64.3  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  32.28 
 
 
661 aa  64.7  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  38.26 
 
 
733 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  29.35 
 
 
445 aa  65.1  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  41.51 
 
 
303 aa  64.7  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.12 
 
 
289 aa  64.3  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  31.36 
 
 
307 aa  63.5  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  36.19 
 
 
284 aa  63.5  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  39.81 
 
 
522 aa  63.5  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36 
 
 
532 aa  63.2  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  26.88 
 
 
409 aa  62.8  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  21.02 
 
 
423 aa  62.8  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0489  cell wall hydrolase/autolysin  36.07 
 
 
560 aa  62.8  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000671829  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  36.04 
 
 
390 aa  62.8  0.000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  36.61 
 
 
556 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08381  hypothetical protein  33.33 
 
 
141 aa  62.4  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.275743  hitchhiker  0.00161407 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  29.82 
 
 
304 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  35.71 
 
 
466 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  32.23 
 
 
334 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  31.46 
 
 
324 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  32.23 
 
 
334 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  34.38 
 
 
544 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  33.73 
 
 
498 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  27.55 
 
 
543 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.33 
 
 
400 aa  61.6  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.690054  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 
368 aa  61.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.54 
 
 
679 aa  60.8  0.00000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  33.93 
 
 
283 aa  60.8  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.78 
 
 
1001 aa  60.5  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.17 
 
 
457 aa  59.7  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  29.51 
 
 
402 aa  59.7  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  37.14 
 
 
445 aa  59.3  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
457 aa  59.3  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 
587 aa  59.3  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.72 
 
 
579 aa  59.3  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  37.61 
 
 
534 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  31.18 
 
 
1556 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  36.54 
 
 
323 aa  59.3  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3056  NLP/P60 protein  31.63 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000688808  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  25.26 
 
 
399 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  33.96 
 
 
570 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  29.7 
 
 
1079 aa  57.8  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.74 
 
 
499 aa  57.8  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.2 
 
 
554 aa  58.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  24.59 
 
 
179 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0060  Peptidase M23  37.25 
 
 
320 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00481353  hitchhiker  0.00293385 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  27.75 
 
 
390 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  26.23 
 
 
517 aa  58.5  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  26.74 
 
 
487 aa  58.5  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.35 
 
 
530 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  33.57 
 
 
377 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  36.44 
 
 
801 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.58 
 
 
581 aa  57.8  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 
518 aa  57.8  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>