More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2029 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  52.69 
 
 
928 aa  992    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 
932 aa  934    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
937 aa  967    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  51.18 
 
 
937 aa  1003    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  51.13 
 
 
937 aa  978    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  50.96 
 
 
937 aa  986    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  100 
 
 
932 aa  1913    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  53.08 
 
 
912 aa  991    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  52.59 
 
 
928 aa  988    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  50.75 
 
 
937 aa  983    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  52.59 
 
 
934 aa  998    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  52.48 
 
 
928 aa  993    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  46.98 
 
 
941 aa  900    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  44.78 
 
 
930 aa  816    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  45.13 
 
 
923 aa  898    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  59.91 
 
 
931 aa  1145    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 
955 aa  499  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  21.93 
 
 
935 aa  163  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.49 
 
 
775 aa  162  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  23.87 
 
 
714 aa  155  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  27.52 
 
 
507 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  27.75 
 
 
507 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  27.52 
 
 
484 aa  152  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 
294 aa  151  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  26.42 
 
 
489 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  27.63 
 
 
483 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  27.4 
 
 
482 aa  149  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  27.17 
 
 
482 aa  147  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  27.84 
 
 
778 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  27.01 
 
 
488 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.09 
 
 
689 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  45.06 
 
 
572 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.54 
 
 
947 aa  140  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  42.29 
 
 
1502 aa  140  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  40.68 
 
 
1006 aa  139  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  25.78 
 
 
464 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.14 
 
 
835 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 
571 aa  139  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.05 
 
 
821 aa  139  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  40 
 
 
882 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  41.14 
 
 
839 aa  139  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 
768 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 
324 aa  137  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  34.36 
 
 
858 aa  137  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.71 
 
 
703 aa  137  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.2 
 
 
1109 aa  136  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 
571 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.63 
 
 
754 aa  135  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.71 
 
 
1209 aa  135  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 
292 aa  135  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.71 
 
 
1209 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  42.29 
 
 
1215 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 
761 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.71 
 
 
1215 aa  135  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.71 
 
 
1215 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
961 aa  134  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.78 
 
 
860 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.73 
 
 
738 aa  134  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  40.35 
 
 
284 aa  134  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  43.1 
 
 
792 aa  134  9e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  43.1 
 
 
792 aa  134  9e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.94 
 
 
1006 aa  134  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.78 
 
 
860 aa  134  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 
458 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.71 
 
 
1486 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.14 
 
 
1228 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  43.9 
 
 
685 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
1466 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  39.2 
 
 
712 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1191  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.44 
 
 
836 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.668547  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
890 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 
705 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  39.38 
 
 
1025 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.34 
 
 
729 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 
840 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.13 
 
 
965 aa  132  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.17 
 
 
556 aa  132  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  43.9 
 
 
685 aa  132  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
758 aa  132  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.61 
 
 
568 aa  132  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  43.89 
 
 
546 aa  132  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  38.29 
 
 
715 aa  132  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  25.17 
 
 
474 aa  131  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 
574 aa  131  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
629 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  35.68 
 
 
944 aa  131  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.23 
 
 
1093 aa  131  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  36.92 
 
 
523 aa  131  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
737 aa  131  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 
648 aa  131  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.67 
 
 
790 aa  131  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 
689 aa  131  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.41 
 
 
1020 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.25 
 
 
689 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.14 
 
 
1508 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.14 
 
 
1508 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0329  hypothetical protein  40.11 
 
 
740 aa  130  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.45 
 
 
844 aa  130  9.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.14 
 
 
1508 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.23 
 
 
738 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>